基于生物信息学方法分析雌激素受体
相关基因在女性结核病患者中的表达及意义
何杰1
李小燕2
余觅2
张维2
肖秋红2
孙建2
柳广南1
1.530007 南宁,广西医科大学第二附属医院呼吸与危重症医学科2.610500,成都医学院第一附属医院呼吸与危重症医学科
摘要：目的 探索女性结核病患者雌激素受体相关联的基因并进行实验验证.方法 下载GSE114911、GSE54992、GSE834563个数据集的基因表达谱.使用R软件探索来自女性的结核组织样本与正常组织样本之间的差异基因.在线数据库DAVID用于差异基因的富集分析.使用相互作用基因/蛋白质检索的搜索工具和Cytoscape软件对雌激素受体基因和差异基因进行网络构建.取我院女性肺结核患者肺结核组织和正常肺组织标本,运用实时定量PCR、Western blot检测关键基因在肺结核组织和正常肺组织中的表达水平.结果 3个数据集的交集显示了24个差异基因.使用GO功能注释将24个差异基因分为生物学过程、分子功能和细胞组分3个类别.随后进行了KEGG分析,总共有10个差异基因和雌激素受体密切相关.其中,CCL20、CXCR3与雌激素受体关联最为密切的基因.运用实时定量PCR发现,肺结核组织样本中的CCL20 mRNA表达水平为2.56±0.34,低于配对的正常肺组织的7.88±0.51(t=-2.375,P=0.003),CXCR3 mRNA表达水平为8.35±1.76,高于配对的正常肺组织的1.24±0.34(t=1.384,P=0.008);Western blot验证结果与实时定量PCR结果趋势一致.结论 本研究通过多个数据库对CCL20、CXCR3进行生物信息学分析,发现雌激素受体相关基因可能在女性结核病中发挥作用,为结核病的分子机制提供新的见解.
关键词：结核女性生物信息学分析
分类号：R52(结核病)
资助基金：国家自然科学基金(81600388)
论文发表日期：2020-12-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 541-545,561 )
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