利用全基因组寡核苷酸筛选大肠癌差异表达基因
许红民1
王强2
白雪娟2
钟定荣3
曹秀堂4
张金萍2
丁彦青1
姚开泰1
1.南方医科大学病理解剖教研室肿瘤研究所,广东,广州,5105152.解放军总医院第二附属医院,北京,1000913.解放军总医院病理科,北京,1008534.解放军总医院医疗质量管理研究科,北京,100853
摘要：目的筛查人大肠癌组织与相应正常大肠粘膜差异表达基因.方法应用美国Affymetrix HG-U133寡核苷酸芯片(代表迄今所知的32 264个人类全基因,包括19 308个已知的人类基因和12 956个EST簇)检测9例大肠癌组织及相应正常大肠粘膜基因表达谱,并以实时荧光定量PCR技术对基因芯片检测结果进行验证;综合运用交集补集、秩和检验及t检验比较两组表达谱数据.结果获得大肠癌组织与正常大肠粘膜组织差异表达基因和ESTs 3125个(包括肿瘤上调基因ESTs 974个、下调基因ESTs 2 151个);大肠癌组织表达而相应正常粘膜不表达的ESTs 245个;大肠癌组织不表达而正常粘膜表达的ESTs 162个;最重要的大肠癌差异表达基因ESTs 17个.本研究所筛得之大肠癌差异表达基因80.1%未见报道.结论综合运用交集补集分析、t检验、秩和检验对基因谱数据进行挖掘的策略,可为寻找大肠癌分子标记物和从整体上探讨大肠癌发生的分子机制奠定基础.
关键词：大肠癌基因表达谱数据挖掘
分类号：R735.34(消化系肿瘤)
资助基金：国家重点基础研究发展计划（973计划）(2001CB510208;04Z041)
论文发表日期：2005-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 1109-1113 )
英文信息