肝组织选择性细胞通讯类基因转录调控网络的构建
廖之君1
马文丽2
梁爽2
孟伟2
商涛2
郑文岭3
1.南方医科大学基因工程研究所,广东,广州,510515;建医科大学生物化学与分子生物学系,福建,福州,3500042.南方医科大学基因工程研究所,广东,广州,5105153.南方医科大学基因工程研究所,广东,广州,510515;福建医科大学生物化学与分子生物学系,福建,福州,350004
摘要：目的 探讨肝脏组织选择性基因表达的转录调控机制.方法 按照基因功能的差异对组织选择性Affymetrix探针集(共3919条探针)进行聚类,挑选肝组织选择性细胞通讯类(LSCC)基因进行研究.收集各基因上游的500个碱基序列,用3种软件分别预测这些基因的转录因子(TFs)以及转录因子结合位点(TFBS),并进行文献挖掘,最后构建基因转录调控网络.结果 获得含23个基因的肝组织选择性细胞通讯类探针集,两种软件预测分别得到50和72个TFs,两者交集有18个相同TFS,得分最高前10条TFBS序列基本上与预测的TFs相对应,文献挖掘结果提示LSCC基因和TFs除具有肝组织的选择性、转录因子的一般性词汇外,还与白蛋白、糖尿病、葡萄糖、脂类、代谢、JNK等显著相关.调控网络显示LSCC基因和TFs具有参与糖、脂代谢调节,结合、转运功能,凝血信号转导,炎症应答等功能,未进入网络的PPP2RIB基因与网络中DUSP10基因部分功能相似.结论 LSCC基因和预测的TFs参与肝脏多种重要功能的调控,这些功能整合在复杂的转录调控网络中,转录因子JUN可能是发挥调控作用的重要靶点,推测PPP2R1B也可能参与几肿的调控.
关键词：组织选择性肝转录因子转录因子结合位点转录调控网络
分类号：Q781(基因工程（遗传工程）)
资助基金：广东省生物芯片重点实验室基金(2004860144)
论文发表日期：2008-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：4( 1582-1585 )
英文信息