微阵列数据处理平台设计与实现
孙显赫
郭云波
刘娜
马骊
邓亲恺
1.南方医科大学基础医学院生物信息学研究室,广东广州,5105152.南方医科大学基础医学院生物信息学研究室,广东广州,5105153.南方医科大学基础医学院生物信息学研究室,广东广州,5105154.南方医科大学基础医学院生物信息学研究室,广东广州,5105155.南方医科大学基础医学院生物信息学研究室,广东广州,510515
摘要：目的 研制一个基于高性能计算机和Linux下运行的采用B/S模式的微阵列数据处理平台.方法 构建以Apache服务器为平台的WEB服务器,采用Perl语言编程,整合R语言与Bioconductor中的微阵列数据分析软件包,满足寡核苷酸微阵列和双色点样微阵列实验数据的处理和分析,用户可在网页上提交数据和设置参数,结果通过网页以图形化的方式返回.结果 该平台可处理寡核苷酸微阵列和双色点样微阵列的数据,实现了数据质量评估、预处理、注释、统计分析等功能,操作简单,分析速度快.运用本平台处理了结核杆菌不同临床分型的人类巨噬细胞寡核苷酸微阵列数据,即潜伏期、结核病、结核性脑膜炎,为识别结核杆菌的敏感基因提供了线索.利用本平台还分析不同条件下用异烟肼处理结核分支杆菌的效果,例如低氧条件和敲除katG基因的条件所获得的相关cDNA微阵列数据,发现用异烟肼处理的对数生长期调节的基因将不会在休眠期模型中被差异调节;并且在休眠期,被差异调节的基因总数将减少.结论 该平台功能资源整合较全面,克服了当前微阵列数据分析软件或工具包在操作使用方面的不足,应用界面友好,结果显示直观,为生物学家开展微阵列数据分析提供了方便.针对结核分支杆菌的案例研究验证了平台的有效性.
关键词：微阵列生物信息学寡核苷酸微阵列双色点样微阵列R语言Bioconductor结核分支杆菌结核性脑膜炎异烟肼
分类号：Q75(分子遗传学)
资助基金：国家重大科技专项资助(2008ZX10003013-02)
论文发表日期：2011-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 610-614 )
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