LongMan：一个哺乳类直系同源长链非编码RNA数据库
杨小雪1
张海2
贺莎1
林杰1
朱浩1
1.南方医科大学 基础医学院生物信息学教研室,广东 广州,5105152.南方医科大学 网络中心,广东 广州,510515
摘要：目的：计算并预测13562个GENCODE项目首期鉴定的人类长链非编码RNA在16个哺乳动物的直系同源基因，并建立数据库LongMan，为长链非编码RNA研究提供重要数据。方法使用RNAfold预测13562个人类长链非编码RNA每个外显子的结构；使用Infernal对每个外显子进行基因组搜索，分析其在16个哺乳动物可能的同源外显子；分析每个人类长链非编码RNA是否有同源基因；分析同源长链非编码RNA中的转座子和剪切信号；构造数据库的搜索引擎和输出界面；实现数据库维护更新机制。结果 LongMan目前收录133646个直系同源长链非编码RNA；提供序列、比对、转座子和种系特异性插缺（indel）等信息；提供多条件组合查询；提供显示与下载功能。结论 LongMan是首个大规模多种系同源长链非编码RNA数据库，对长链非编码RNA比较与功能研究具有重要价值。
关键词：数据库长链非编码RNA同源基因
资助基金：广州市科技创新局(2012Y2-00047)
论文发表日期：2016-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 552-556 )
英文信息