Luminal亚型乳腺癌细胞与正常乳腺细胞的circRNA表达谱差异分析
肖斌1
温嘉欣2
赵超然2
陈丽丹1
孙朝晖1
李林海1
1.中国人民解放军广州总医院检验科,广东广州,5100102.南方医科大学南方医院检验系,广东广州,510515
摘要：目的 探讨环状RNA(circRNA)在Luminal亚型乳腺癌细胞与正常乳腺细胞中表达谱的差异.方法 分别提取Luminal亚型细胞MCF7和正常乳腺细胞MCF10A的总RNA;使用NanoDrop ND-1000对total RNA质量进行检测,用核糖核酸酶R分解total RNA以除去线性RNA并富集circRNA;利用随机引物法扩增富集的circRNA并转录成荧光cRNA;将荧光标记cRNA杂交到circRNA微阵列芯片上,扫描得到两种细胞的circRNA表达谱;在Agilent Feature Extraction软件中进行原始数据提取,并对采集到的阵列图像进行分位数归一化和后续数据处理,进行火山图和聚类热图分析;最后,选取差异表达倍数较高的3条circRNA进行实时荧光定量PCR(qPCR)鉴定.结果 提取的MCF7和MCF 10A细胞总RNA纯度高、完整度较好;扫描微阵列芯片上标记的荧光信号,发现两种细胞的circRNA表达谱明显不同;与MCF 10A细胞相比,在MCF7细胞的全部12 910条circRNA表达归一化结果中,有5964条上调,81条表达水平一致,6865条下调;表达差异(Log fold change)在2倍以上的有343条,其中213条上调,130条下调;表达差异在5倍以上的有9条,其中8条上调,分别为:hsa_circRNA_061260 (6.02倍)、hsa_circRNA_103933(5.96倍)、hsa_circRNA_005239 (5.84倍)、hsa_circRNA_100689(5.69倍)、hsa_circRNA_004087(5.60倍)、hsa_circRNA_104420 (5.25倍)、hsa_circRNA_104421 (5.13倍)和hsa_circRNA_1 01222 (5.03倍),1条下调:hsa_circRNA_104864(5.09倍);经qPCR鉴定hsa_circRNA_ 100689、hsa_circRNA_005239和hsa_circRNA_ 104864的差异表达趋势与芯片结果相符.结论 Luminal亚型乳腺癌细胞与正常乳腺细胞的circRNA表达差异较大,其中表达上调或下调的circRNA有望成为Luminal亚型乳腺癌诊断的新靶标.
关键词：环状RNALuminal亚型乳腺癌表达谱
资助基金：军队后勤科研项目(CWH17C017)广州市科技计划(201804010186)
论文发表日期：2018-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 1014-1019 )
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