非交联染色质免疫共沉淀及其二代测序技术建库方法的优化
彭昂惠
李昭强
张燕
冯德龙
郝冰涛
1.南方医科大学基础医学院肿瘤研究所,广东广州,5105152.南方医科大学基础医学院肿瘤研究所,广东广州,5105153.南方医科大学基础医学院肿瘤研究所,广东广州,5105154.南方医科大学基础医学院肿瘤研究所,广东广州,5105155.南方医科大学基础医学院肿瘤研究所,广东广州,510515
摘要：目的 优化非交联染色质免疫共沉淀及其二代测序(Native ChIP-seq)技术,简化操作步骤,得到高质量ChIP-seq数据.方法 裂解细胞,MNase切割DNA释放核小体,用组蛋白修饰的特异性抗体将组蛋白与DNA的复合物进行免疫共沉淀,蛋白酶K消化后进行DNA纯化,染色质免疫共沉淀(ChIP)产物用n5转座酶建库与传统建库两种方法进行文库构建并测序.结果 与传统建库方法相比,Tn5转座酶建库经过Tn5片段化后直接进行目的DNA的扩增,操作简单,更加省时,效率更高;IGV可视化信号分布峰图显示两种建库方式获得的富集峰基本相同;两种建库方法获得的测序数据中,Tn5转座酶建库比传统建库获得更多的富集峰;Tn5转座酶建库后结果显示重复性良好,信噪比达到50％以上.结论 Tn5转座酶建库能提高建库效率并得到更好的数据质量,适用于组蛋白修饰的检测,为表观遗传研究提供更好的技术选择.
关键词：染色质免疫共沉淀技术二代测序技术组蛋白修饰传统建库Tn5转座酶建库
资助基金：国家自然科学基金(31670892)广东省自然科学基金(2016A030313603)
论文发表日期：2019-06-02
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：7( 692-698 )
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