重构肿瘤克隆单体型的改进生成树算法
耿彧1
赵仲孟2
刘建业2
1.锦州医科大学健康管理学院,辽宁 锦州 121001;西安交通大学计算机科学与技术学院,陕西 西安 7100492.西安交通大学计算机科学与技术学院,陕西 西安,710049
摘要：目的 基于三代测序数据重构肿瘤克隆单体型,有效识别肿瘤异质性.方法 该算法提取混合肿瘤数据中的变异位点数据,通过概率函数求解各体细胞突变位点的连接权值;设计了一种基于最大生成树的单体型重构算法,遵循肿瘤克隆间继承原则逐级扩展最大生成树,以确定克隆中各变异位点的连接模式;采用厚度剥离方法估计求得子克隆个数、配比及演化关系.结果 在仿真实验中,分别对测序覆盖度、读段长度、亚克隆数目及体细胞变异率四个指标进行了准确率分析,充分说明了该算法具有良好的鲁棒性;该算法对肿瘤克隆单体型重构精度均值可达到97％以上,与其它工具进行性能比较具有显著优势.结论 所提方法可以较为精确的重构肿瘤亚克隆单体型,明晰肿瘤克隆演化过程,为肿瘤异质性研究和临床决策提供理论依据.
关键词：肿瘤异质性克隆单体型最大生成树三代测序数据厚度剥离法
资助基金：辽宁省自然科学基金(20180550161)辽宁省自然科学基金(20180550855)
论文发表日期：2019-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 1287-1292 )
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