新型冠状病毒SARS-CoV-2的变异和进化分析
周烨真
张世豪
陈嘉仪
万成松
赵卫
张宝
1.南方医科大学公共卫生学院三级生物安全实验室,广东 广州 5105152.南方医科大学公共卫生学院三级生物安全实验室,广东 广州 5105153.南方医科大学公共卫生学院三级生物安全实验室,广东 广州 5105154.南方医科大学公共卫生学院三级生物安全实验室,广东 广州 5105155.南方医科大学公共卫生学院三级生物安全实验室,广东 广州 5105156.南方医科大学公共卫生学院三级生物安全实验室,广东 广州 510515
摘要：目的 分析新型冠状病毒SARS-CoV-2的进化、变异情况.方法 从GISAID、NCBI中下载相关病毒全基因组序列,运用生物信息学软件MEGA-X、BEAST、TempEst等软件,构建基因组进化树,推测病毒的时间进化信号,计算病毒出现的tMRCA时间,分析病毒进化的选择压力.结果 基因组进化树显示SARS-CoV-2与蝙蝠冠状病毒Beta CoV/bat/Yunnan/RaTG13/2013、bat-SL-CoVZC45、bat-SL-CoVZXC21和SARS-CoV等病毒共同构成冠状病毒β属的Sarbecovirus亚属.现在的病毒序列有微弱的时间进化信号,tMRCA平均时间为73 d,95％可信区间(38.9～119.3 d),与BetaCoV/bat/Yunnan/RaTG13/2013病毒不具正性时间进化信号,与bat-SL-CoVZC45和SARS-CoV具有强的正性时间进化关系.病毒在流行期间存在变异,主要是净化选择压力.结论 病毒SARS-CoV-2可能出现在2019年11月左右,来源于蝙蝠相关冠状病毒.结果将有助于研究病毒SARS-CoV-2的溯源、进化,对疾病进行正确防控具有指导意义.
关键词：SARS-CoV-2冠状病毒进化变异
资助基金：国家自然科学基金(31670168)
论文发表日期：2020-02-20
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：7( 152-158 )
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