适用于单细胞RNA测序的半月板细胞提取方法的优化
陈纳淳1
吴汉森2
邓仲豪1
廖哲霆1
冯舒皓1
骆梓恒1
楚玉豪1
邱耿韬1
李啸宇1
金昱1
戎圣炜1
王富华1
甘露1
陈如歌1
赵亮1
1.南方医科大学南方医院骨科-关节与骨病外科,广东 广州 5105152.南方医科大学珠江医院院办,广东 广州510080
摘要：目的 优化半月板细胞提取的方法,缩短细胞提取时间,稳定地获取细胞数量多和细胞活率高的细胞悬液,使获得的细胞悬液悬液适用于单细胞RNA测序.方法 比较细胞悬液的细胞数量及细胞活率评价不同细胞提取方法的有效性,细胞提取方法包括传统半月板细胞提取法(短时间消化和长时间消化)和优化提取法;通过分析单细胞RNA测序数据集评价优化提取法获取的细胞悬液的稳定性;通过比较优化提取法获得的单细胞RNA测序数据集与公开的半月板单细胞RNA测序数据集,分析优化提取法的可靠性.结果 在3次重复实验中,优化提取法获得细胞数量最多的细胞悬液,细胞数量超过105,且细胞活率最高,平均达80％.通过分析单细胞RNA测序数据发现每个样本中80％以上细胞的线粒体基因含量少于20％.CD34+,MCAM+细胞以及COL1A1+胞均存在每个单细胞RNA测序数据集中.在比较基于优化提取法单细胞RNA测序数据集与公开的半月板单细胞RNA测序数据集时发现,优化提取法也能捕获COL3A1+细胞,COL1A1+细胞,MYLK+细胞,BMP2+细胞,CD93+细胞和CDK1+细胞.结论 优化细胞提取方法能稳定地获得适用于10×Genomics平台的单细胞RNA测序技术的单细胞悬液.
关键词：半月板细胞提取单细胞悬液单细胞测序
资助基金：国家自然科学基金(31771051)广东省自然科学基金(2018B030311041)广州市科技计划(201803010114)
论文发表日期：2021-09-20
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：9( 1310-1318 )
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