加权基因共表达网络挖掘并验证调控前列腺癌转移的枢纽基因
张河元1
陈南辉2
王晓红3
高白云4
凌木安4
陈果4
吴志明5
李宇同4
钟伟枫6
潘斌4
1.广东省梅州市人民医院泌尿外科,广东 梅州 5140212.南方医科大学南方医院泌尿外科,广东 广州 510515;广东省梅州市人民医院泌尿外科,广东 梅州 5140213.南方医科大学第三附属医院肾内科,广东 广州 5106304.暨南大学附属第一医院泌尿外科,广东 广州 5106305.中山大学肿瘤防治中心泌尿外科,广东 广州 5100606.广州市第十二人民医院泌尿外科,广东 广州 510630;中山大学肿瘤防治中心泌尿外科,广东 广州 510060
摘要：目的 通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)挖掘并验证前列腺癌转移的关键枢纽基因.方法 对前列腺癌全基因组芯片GSE6919进行主成分分析(PCA),通过R语言分析差异表达基因(DEGs);利用WGCNA构建基因共表达网络并筛选关键基因;在TCGA公共数据中分析基因表达量及其与患者预后的关系;设计和验证针对转移相关的关键基因HNRNPA2B1的小分子干扰片段,通过MTT、流式细胞术、克隆形成、Transwell等实验验证其对前列腺癌细胞系生长、凋亡、克隆形成、迁移和侵袭的影响.结果 PCA分析显示癌转移组和原位及癌旁组明显分开聚类,基因表达差异显著.WGCNA分析得到与癌转移组密切相关的模块,与干细胞分化、氨基酸代谢及免疫反应密切相关.进一步筛选得到与前列腺癌发生相关的(BDH1、PAK4、EXTL3)和转移相关的(NKTR、CTBP2、HNRNPA2B1)6个枢纽基因,在TCGA数据库中有表达差异,且与患者的总生存期相关.Western blotting结果 显示HNRNPA2B1小分子干扰成功;干扰片段转染PC3及LNCap细胞,MTT实验结果 显示沉默HNRNPA2B1可抑制前列腺癌细胞的生长,流式细胞术结果 显示沉默HNRNPA2B1可诱导细胞凋亡,克隆形成实验显示沉默HNRNPA2B1可抑制其克隆形成,Transwell实验显示沉默HNRNPA2B1显著抑制前列腺癌细胞的迁移和侵袭(P<0.05).结论 发现前列腺癌发生相关的BDH1、PAK4、EXTL3和转移相关的NKTR、CTBP2、HNRNPA2B16个枢纽基因,为前列腺癌调控机制的研究提供了新思路.
关键词：前列腺癌转移加权基因共表达网络分析枢纽基因TCGA
资助基金：国家自然科学基金(81802567)广东省自然科学基金(2018A0303070016)广东省自然科学基金(2020A1515010015)领航专科建设专项(711006)
论文发表日期：2021-11-20
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：10( 1631-1640 )
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