肝细胞癌中促癌miRNA调控网络分析与验证
叶静静
徐文琴
陈天兵
皖南医学院弋矶山医院中心实验室,安徽 芜湖241001;皖南医学院重大疾病非编码RNA转化研究安徽普通高校重点实验室,安徽 芜湖241001
摘要：目的 构建肝细胞癌中生存相关的促癌miRNA与其靶基因的调控网络并对关键miRNA-靶基因进行实验验证.方法 利用OncomiR和Oncolnc获取肝癌中生存相关的miRNA,并进行表达分析和生存分析;利用miRNet预测miRNA的靶基因,通过GEPIA2、Ualcan分别对靶基因进行生存和表达分析,通过Starbase进行miRNA-靶基因共表达分析,利用Cytoscape软件构建miRNA-靶基因网络,通过Enrichr进行靶基因富集分析,利用String数据库进行蛋白互作网络构建.将NC,hsa-miR-1226-3p的mimic或inhibitor,hsa-miR-221-5p的mimic或inhibitor分别转染HepG2细胞,利用CCK8检测转染后细胞活力的变化情况,另取转染后48 h样品利用Q-PCR检测靶基因表达情况;将NC,hsa-miR-221-5p的mimic或inhibitor分别转染HepG2细胞,48 h后用Werstern blot检测靶基因蛋白表达情况;将NC+p-GCDH-WT质粒,NC+p-GCDH-MUT质粒,hsa-miR-221-5p mimic+p-GCDH-WT质粒,hsa-miR-221-5p mimic+p-GCDH-MUT质粒分别转染HepG2细胞,48 h后利用多功能酶标仪检测荧光素酶活性;将NC,hsa-miR-221-5p mimic,pEGFP N1-GCDH质粒,hsa-miR-221-5p mimic+pEGFP N1-GCDH质粒分别转染HepG2细胞,利用CCK8检测转染后细胞活力的变化情况,transwell实验检测细胞迁移和侵袭能力.结果 从OncomiR和Oncolnc数据库中分别得到223个(P<0.05)和146个(P<0.05)在肝癌中与生存相关的miRNA,两者交集为131个;结合表达分析和生存分析的结果共鉴定出48个促癌miRNA;miRnet共预测出10278个靶基因,通过生存和表达分析符合预期的为44个,miRNA-mRNA共表达分析后的结果显示27个靶基因符合预期.通过Cytoscape软件构建的miRNA-靶基因网络包含了25个促癌miRNA和27个抑癌基因.富集分析结果显示靶基因集中作用于脂肪酸代谢通路.验证实验显示,转染hsa-miR-1226-3p的mimic和inhibitor,hsa-miR-221-5p的mimic和inhibitor后,其对应的靶基因mRNA或蛋白水平均显著改变(P<0.05);hsa-miR-221-5p mimic和p-GCDH-WT质粒共转可显著降低其荧光素酶的活性(P<0.05);pEGFP N1-GCDH质粒和hsa-miR-221-5p mimic共转可显著恢复其对细胞活力,以及细胞迁移、侵袭能力的影响(P<0.05).结论 通过综合分析鉴定了肝癌中的促癌miRNA并构建了其调控网络;脂肪酸代谢可能是肝细胞癌中促癌miRNA发挥作用的重要的靶标信号通路之一.hsa-miR-221-5p/GCDH轴是肝癌进展的重要分子机制.
关键词：肝癌促癌miRNA调控网络生信分析
资助基金：国家自然科学基金(81901519)安徽省自然科学基金(1908085QH380)
论文发表日期：2022-01-20
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：10( 45-54 )
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