t(8;21)急性髓系白血病中RNA N6-甲基腺嘌呤(m6A)的修饰特征
温亚男1
方姝2
杨晶晶1
王昊1
焦一帆1
王楠1
魏岩1
王莉莉3
窦立萍3
1.解放军医学院,北京100853;中国人民解放军总医院第五医学中心血液病医学部,北京1008532.中国人民解放军总医院第五医学中心血液病医学部,北京100853;南开大学,天津 3000713.中国人民解放军总医院第五医学中心血液病医学部,北京100853
摘要：目的 研究t(8;21)急性髓系白血病(AML)中AML1-ETO(AE)融合基因与细胞内N6-甲基腺嘌呤(m6A)修饰的关系.方法 利用RNA-蛋白免疫共沉淀和高通量测序技术(MeRIP-Seq)在AE(+)和敲除AE的AML细胞系中进行RNA m6A测序,分析整个转录组m6A修饰的变化.利用高通量测序技术进行转录组测序(RNA-seq).进一步通过GO分析、KEGG通路富集分析对差异修饰的mRNA进行功能注释.实时荧光定量PCR检测m6A相关酶表达量变化.结果 RNA m6A甲基化测序在敲除AE和表达AE的AML细胞系中共检测到26441个基因,包含了72036个m6A peak.AE敲除后细胞内m6A peak的数目由37042个变成34994个,其中有1278个m6A peak升高,1225个下降.AE敲除后新出现了1316个m6A修饰的基因,1830个基因失去了m6A修饰.差异的peak主要在癌症、人类T淋巴细胞白血病病毒Ⅰ等通路中富集.RNA-seq结果显示,AE敲除后有2483个基因表达上调,3913个基因表达下调.MeRIP-Seq和RNA-Seq联合分析结果显示,与非m6A修饰的基因相比,m6A所修饰的基因表达水平均相对较高(SKNO-1:0.6116±1.263 vs 2.010±1.655,P<0.0001;SKNO-1 siAE:0.5528±1.257 vs 2.067±1.686,P<0.0001).m6A修饰位于3'UTR或5'UTR的基因较位于外显子区的基因表达量更高(SKNO-1:2.177±1.633 vs 1.333±1.470 vs 2.449±1.651,P<0.0001;SKNO-1 siAE:2.304±1.671 vs 1.336±1.522 vs 2.394±1.649,P<0.05).RNA-seq结果显示,有3种m6A相关酶METTL14、WTAP、ALKBH5的mRNA表达升高(WTAP:5.36±0.5657 vs 13.19±0.3253,METTL14:2.850±0.1556 vs 8.815±1.761,ALKBH5:13.70±0.4596 vs 39.84±6.067,P<0.05).实时荧光定量PCR检测METTL14、WTAP、ALKBH5的表达量变化发现敲除AE后WTAP、ALKBH5的表达量升高,而METTL14的表达量降低(P<0.05).结论 AE敲除造成m6A相关酶差异,推测AE融合基因或许可以调控一种或多种m6A相关酶的表达控制细胞内的甲基化水平,影响m6A修饰模式.
关键词：AML1-ETO急性髓系白血病N6-甲基腺嘌呤(m6A)
资助基金：国家自然科学基金(82070178)国家自然科学基金(81770203)国家自然科学基金(81700122)国家自然科学基金(81270610)解放军总医院转化项目(ZH19003)解放军总医院医疗大数据与人工智能研发项目(2019MBD-016)
论文发表日期：2022-05-20
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：8( 690-697 )
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