RT-PCR/CRISPR-Cas12a快速检测和区分SARS-CoV-2 Omicron BA.4/5变异株
马玉楠1
邹丽容2
梁源浩1
刘泉汛1
孙倩1
庞玉莲1
林洪青1
邓小玲2
唐时幸3
1.南方医科大学公共卫生学院流行病学系,广东 广州 5105152.广东省疾病预防控制中心病原微生物研究所,中国医学科学院广东省新发传染病防治工作站,广东 广州 5114303.南方医科大学公共卫生学院流行病学系,广东 广州 510515;南方医科大学南方医院感染科,广东 广州510515
摘要：目的 建立一种基于CRISPPR-Cas12a基因编辑技术对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)奥密克戎BA.4/5变异株快速检测与鉴别的方法.方法 结合逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)与CRISPR基因编辑技术,基于次优原间隔区相邻基序(suboptimal-PAM)设计奥密克戎BA.4/5变异株特异性的CRISPR RNA(crRNA),从而建立RT-PCR/CRISPR-Cas12a快速检测新冠病毒BA.4/5变异株的方法.本研究检测了43例新冠病毒阳性的临床样本(包括新冠病毒野生株以及变异株Alpha、Beta、Delta、奥密克戎BA.1和BA.4/5)以及20例新冠病毒阴性的临床样本(包括11种常见呼吸道病原体),并以测序结果为金标准计算PCR/CRISPR-Cas12a检测方法的ROC曲线下面积(AUC)以及灵敏度(SEN)、特异性(SPE)、一致性(Kappa)评价检测方法的性能.结果 本研究筛选到两条特异性crRNA-1和crRNA-2,所建立的方法可在30 min内快速特异地检测出SARS-CoV-2奥密克戎BA.4/5变异株,最低检测限为10 copies/μL.此外,在检测感染11种常见呼吸道病原体的临床样本时均未观察到非特异性交叉反应.基于crRNA-1和crRNA-2的检测结果的灵敏度分别为97.83％、100％;特异性均为100％;ROC曲线下面积分别为0.9989和1.0;与Sanger测序方法的一致性分别为92.83％、96.41％.结论 本研究采用CRISPPR-Cas12a基因编辑技术与逆转录聚合酶链式反应相结合,成功建立了一种快速检测与鉴别SARS-CoV-2奥密克戎BA.4/5变异株的新方法.其特异性强、灵敏度高、稳定性好,可用于新冠病毒奥密克戎BA.4/5变异株的批量检测与分型,可用于常规监测和跟踪SARS-CoV-2变异的传播.
关键词：聚合酶链式反应CRISPR基因编辑新冠核酸检测奥密克戎BA.4/5变异株
资助基金：国家自然科学基金(81874216)国家自然科学基金(81971574)
论文发表日期：2023-04-20
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：11( 516-526 )
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