肾小球超微结构分割算法:基于区域级对比学习的深度模型
林国钰1
张桢泰1
路艳蒙2
耿舰3
周志涛2
路利军1
曹蕾1
1.南方医科大学生物医学工程学院//广东省医学图像处理重点实验室//广东省医学成像与诊断技术工程实验室,广东 广州 5105152.南方医科大学中心实验室,广东 广州 5105153.南方医科大学基础医学院,广东 广州 510515;广州华银医学检验中心,广东 广州 510515
摘要：目的 为了提高深度模型对电子显微镜图像中肾小球超微结构的分割性能,提出了一种基于超微结构语义相似性的区域级自监督对比学习方法USRegCon.方法 USRegCon使用大量无标记数据对模型进行预训练,该预训练过程包括3个步骤:(1)模型对图像中超微结构信息进行编码和解码,并根据超微结构的语义相似性自适应地将图像划分为多个区域;(2)依据所划分的区域,使用区域池化操作提取出每个区域的一阶灰度区域表示和深度语义区域表示;(3)对于一阶灰度区域表示,构建了灰度损失函数,目标为最小化区域内的灰度差异和最大化区域间的灰度差异.对于深度语义区域表示,构建了语义损失函数,目标为最大化表示空间中正区域对的相似性和负区域对的差异性.这两个损失函数将联合对模型进行预训练.结果 基于私有数据集GlomEM,USRegCon在肾小球滤过屏障三层超微结构的分割任务中,对基底膜、内皮细胞和足细胞均获得了良好的分割结果,Dice系数分别为85.69±0.13％、74.59±0.13％和78.57±0.16％.该结果优于现有的多种图像级、像素级和区域级自监督对比学习方法,并逼近基于大规模标记数据集ImageNet的全监督预训练方法.结论USRegCon促进模型从大量无标记数据中学习有益的区域表示,弥补了标记数据不足的缺陷,提升了模型对肾小球超微结构的识别和边缘分割能力.
关键词：肾小球超微结构分割电子显微镜标记数据稀缺自监督对比学习
资助基金：国家自然科学基金(32071368)
论文发表日期：2023-05-20
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：10( 815-824 )
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