基于ceRNA芯片研究帕金森病患者血浆长链非编码RNA表达谱并验证lnc-CTSD-5∶1在PD细胞模型中的作用
任自敬1
周佩洋2
田静3
1.湖北医药学院附属襄阳市第一人民医院神经内科,湖北 襄阳 441000;湖北省帕金森病临床医学研究中心,湖北 襄阳 4410002.湖北医药学院附属襄阳市第一人民医院神经内科,湖北 襄阳 4410003.湖北省帕金森病临床医学研究中心,湖北 襄阳 441000
摘要：目的 探索外周血浆中与帕金森病(PD)诊疗相关的关键基因和长链非编码RNA(lncRNA).方法 收集6例PD患者和6例健康对照者的外周血血浆样本.采用竞争性内源性RNA(ceRNA)芯片技术检测mRNA和lncRNA的表达,运用生物信息学方法对差异表达的基因进行分析.将DElncRNAs上游或下游10 kb内转录的DEmRNAs定义为DElncRNAs潜在的可顺式调控的靶基因.构建PD特异性蛋白质-蛋白质相互作用网络.利用差异lncRNAs与mRNA及已知的microRNA构建ceRNA网络.采用MPP+处理SH-SY5Y细胞建立PD细胞模型,验证关键lncRNA的功能.结果 PD患者与健康对照者间有316个基因和986个lncRNA的表达存在差异(P<0.05).通过GO和KEGG富集分析对差异表达的mRNA和lncRNA潜在的可顺式调控的靶基因进行了功能注释,预测了差异表达的mRNA和lncRNAs与microRNA的靶向关系,并根据差异表达的lncRNA的上调或下调分别构建了ceRNA网络.基于网络分析,推测lnc-MTG2-1∶1、lnc-CTSD-5∶1、lnc-PCCA-3∶1、lnc-VTCN1-3∶1、lnc-ZNF25-7∶1和lnc-DAZ3-1∶1可能是PD的关键lncRNA.在MPP+诱导的PD细胞模型中,lnc-CTSD-5∶1的表达变化最显著(P<0.01),且其沉默有助于恢复酪氨酸羟化酶的蛋白表达水平.结论 PD患者血浆中的lncRNA表达模式发生改变,本研究发现了新的DEGs和DElncRNAs,为探索PD的发病机制和开发潜在的生物标志物提供了新的线索.
关键词：帕金森病血浆长链非编码RNA生物信息学分析酪氨酸羟化酶
资助基金：湖北省科技计划(2023BCB140)湖北省自然科学基金(2022CFB341)襄阳市第一人民医院创新科技项目(XYY2023QT09)
论文发表日期：2024-11-20
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：10( 2146-2155 )
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