高通量环状RNA测序揭示hsa_circ_0001900在肾母细胞瘤中特异性高表达且与不良预后相关
高志强
林洁
洪鹏
胡再宏
崔孔孔
王语
董军君
石秦林
田小毛
魏光辉
重庆医科大学附属儿童医院泌尿外科,国家儿童健康与疾病临床医学研究中心//儿童发育疾病研究教育部重点实验室//结构性出生缺陷与器官修复重建重庆市重点实验室,重庆 400014
摘要：目的 探究环状RNA表达谱及其在肾母细胞瘤(WT)预后和进展中的潜在作用.方法 搜集4对配对WT组织送环状RNA测序,筛选差异表达环状RNA.使用qPCR对表达水平最高的前6个候选环状RNA进行临床样本表达验证.选择有代表性的环状RNA在较大临床队列中分析其与临床病理特征和预后的相关性.最后,使用Sanger测序和RNase R酶消化实验验证该分子的成环位点和结构稳定性.结果 基于高通量环状RNA测序在WT中鉴定到23,978个环状RNA分子,其中10,884个环状RNA已获得注释.根据筛选参数(|log2FC|>2和P值<0.05),去除表达丰度较低的样本,鉴定出614个差异表达的环状RNA分子,其中包括269个上调和345个下调.基于临床样本表达验证hsa_circ_0001900表达丰度最高与临床来源的肿瘤组织中和测序结果表达趋势一致,诊断ROC曲线显示该分子具有良好的鉴别诊断能力(曲线下面积为0.72).临床相关性分析提示其表达水平与WT体积呈正相关(R=0.35,P=0.040),同时高表达组患儿的无复发生存率(RFS)具有明显降低的趋势(4年无复发生存率分别为81.25%vs 85.11%,P=0.496).最后,本研究设计针对"反向剪接"位点的发散引物,该分子的成环剪接位点序列得到Sanger测序的验证,Rnase R酶消化实验进一步证实该分子的稳定共价结构.结论 本研究首次展示WT中环状RNA的全面表达谱,其中hsa_circ_0001900的表达水平与WT肿瘤大小和患儿预后有关,可能是WT进展的关键驱动基因.
关键词：肾母细胞瘤Wilms Tumor环状RNAhsa_circ_0001900
论文发表日期：2025-11-20
在线出版日期：2025-12-05（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：9( 2466-2474 )
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