基于非洲菊转录组测序的SSR位点信息分析
林发壮1
李锦烨2
安慧珍3
黄琦2
姚凤琴1
钟琳珊1
陈昌铭1
郭芸玮1
1.三明市农业科学研究院,福建 三明 3655092.三明市林木种苗站,福建 三明 3650003.厦门市农业技术推广中心,福建 厦门 361009
摘要：为深入开发非洲菊SSR分子标记,进而推动非洲菊遗传多样性研究,以云南红非洲菊的转录组序列为基础,对SSR位点进行挖掘.结果表明:通过M ISA软件从60563条unigenes检测出14928个SSR位点,分布于11932条unigenes中,出现频率为24.65％,平均分布距离为3.43 kb.优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的63.44％、21.54％和14.06％.14928个SSR位点由73种重复基序构成,(A/T)、(AG/CT、AC/GT)、(AAT/ATT、AAG/CTT)分别是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸优势重复基元,分别占总SSR重复类型的62.31％、18.13％ 和6.93％.利用Primer 3.0对SSR序列设计引物9535对,成功率为63.87％.非洲菊转录组SSR位点丰富,分布密度大,具有较高的多态性潜能,可作为开发SSR标记的有效来源,为非洲菊遗传多样性研究,分子标记辅助育种、遗传图谱构建以及功能基因挖掘等提供科学依据.
关键词：非洲菊转录组SSR引物位点信息
分类号：S682.1(观赏园艺（花卉和观赏树林）)
资助基金：福建省科技计划(2018S0031)中央引导地方科技发展专项资金项目(2019L3025)
论文发表日期：2020-11-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 1-6 )
英文信息