基于高通量测序的建兰转录组信息分析
樊荣辉
林兵
吴建设
钟淮钦
福建省农业科学院作物研究所,福建 福州 350013;福建省特色花卉工程技术研究中心,福建 福州 350013
摘要：为获得建兰转录组信息,以花发育3个时期为研究对象,进行转录组测序、组装、注释及差异基因分析.结果表明:共获得120.86 Gb clean reads,组装得到56 804个Unigenes,平均长度为1 502 bp,其中34 324条Unigenes获得注释,占所有Unigene的60.43％.33 908条Uni-genes在NR数据库中得到注释,与石斛的匹配度最高;18 459条Unigene被注释到GO数据库中的50个分支;在KEGG中共注释到13 145条Unigene,11 662条注释到129个KEGG通路中.差异基因聚类分析表明,7 873个差异基因,其中3 934个上调表达,3 939个下调表达.差异基因的KEGG注释中,花香相关途径差异基因较多.利用MISA软件筛选得到19 737个SSR位点,其中单核苷酸重复SSRs数量最多,有13 291个,二核苷酸重复次之,有3 374个.本研究为后期建兰基因功能验证及次生代谢解析提供基础数据.
关键词：建兰转录组生物信息学分析功能注释
分类号：S682.31(观赏园艺（花卉和观赏树林）)
资助基金：福建省科技计划公益类项目(2020R1031001)闽台特色园林植物福建省高校重点实验室开放课题(MNNU-MTTSYLZW-202011-2)福建省农业科学院科技创新团队建设项目(CXTD2021010-2)福建省种业创新与产业化工程项目(ZYCX-LY-202102)福建省人民政府、中国农业科学院协同创新工程(XTCXGC2021003)
论文发表日期：2023-03-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：8( 1-8 )
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