基于转录组测序的红萍SSR和SNP特征分析
秦煜1
郑向丽2
林钟员3
1.闽江学院地理与海洋学院,福建 福州350002;福建农林大学未来技术学院,福建 福州3500022.福建农业科学院农业生态研究所,福建 福州3500023.闽江学院地理与海洋学院,福建 福州350002;福州海水种植行业技术创新中心,福建 福州 350002
摘要：为了解红萍在不同氮浓度胁迫下红萍转录组中SSR、SNP分子标记的详细情况,分析转录组数据中分布的SSR和SNP位点.通过提取红萍根和叶的RNA,构建cDNA文库并利用二代测序平台进行高通量测序,利用MISA对测序数据进行SSR特征分析,同时采用软件STAR进行比对并通过GATK进行SNP识别.结果表明:红萍转录组共有9009个SSR位点,SSR位点频率为30.12％.其中,以三核苷酸重复和单核苷酸重复为主,分别占总比例的43.66％和26.41％.SNP位点有439217个,包括转换类型(282532个)和颠换类型(156685个);转换类型占比(64.33％)显著大于颠换类型(35.67％).C/T在所有变异类型中所占比率最高,占总量的17.33％;G/A位居其次(17.01％).红萍转录组SSR和SNP位点丰富,可为红萍遗传多样性、遗传结构与分化以及功能基因的开发利用等研究提供依据.
关键词：红萍转录组SSRSNP
分类号：S511.41(禾谷类作物)
资助基金：福建省自然科学基金项目(2020J01862)
论文发表日期：2023-06-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 44-48 )
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