结直肠癌发病相关关键lncRNA的筛选和鉴定:基于肿瘤基因图谱数据库的生物信息学分析
徐丞1
刘占国2
罗育其3
张一方4
1.南方医科大学珠江医院重症医学科,广东 广州 510280;中国人民解放军南部战区总医院干部病房五科,广东 广州 5100102.南方医科大学珠江医院重症医学科,广东 广州 5102803.广州市第一人民医院南沙医院普通外科,广东 广州 5114574.广东省人民医院南海医院普通外科,广东 佛山 528251
摘要：目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)在结直肠癌(CRC)中的表达特征及其对患者生存预后判断的潜在价值.方法 下载肿瘤基因图谱(TCGA)中CRC相关的RNA序列(RNA-seq)数据,进行lncRNA表达差异、功能、通路富集、调控网络及lncRNA-mRNA共表达分析,同时分析lncRNA差异表达对CRC患者预后的影响.结果 对TCGA 453个CRC临床样本数据进行分析,提示有119个lncRNA存在差异性表达,lncRNA和编码基因存在共表达关系,对基因富集性分析发现,lncRNA参与细胞的多个生物学行为;16个lncRNA对患者生存预后显著相关,其中3个lncRNA BVES-AS1、HAND2-AS1和MAMDC2-AS1为关键lncRNA,可作为预后判断的标志物,同时与miRNA、coding gene存在紧密的调控网络.结论 lncRNA在CRC中存在差异性表达,起着重要的调控作用,在CRC患者诊断、靶向治疗及预后判断方面具有潜在的应用价值.
关键词：长链非编码RNA生物信息学分析结直肠癌肿瘤基因图谱
资助基金：广东省自然科学基金(2015A030310021)中央高校基本科研业务费专项基华南理工大学项目(2018MS21)
论文发表日期：2019-03-30
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 57-62 )
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