肾透明细胞癌染色质调节因子相关预后风险模型的构建和验证
曾加义1
刘艳君2
汤延淋3
张长征3
叶楚津3
余玉明3
1.南方医科大学第二临床医学院 广东广州 510515;南方医科大学附属广东省人民医院(广东省医学科学院)泌尿外科 广东广州 5100802.南方医科大学 基础医学院免疫学教研室 广东广州5105153.南方医科大学附属广东省人民医院(广东省医学科学院)泌尿外科 广东广州510080
摘要：目的 通过生物信息学方法鉴定肾透明细胞癌(ccRCC)预后相关的染色质调节因子(CRs),构建并验证一种新型染色质调节因子相关的预后风险模型.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库和Ar-rayExpress数据库分别下载了TCGA-KIRC队列和E-MTAB-1980 队列的转录组信息和临床信息.首先使用R包在TCGA数据集中识别癌与癌旁中差异表达的CRs.随后,通过单因素和多因素Cox回归分析确定预后相关的CRs并在训练队列中构建风险模型.根据风险评分的中位数将患者分为高风险组和低风险组.Kaplan-Meier 生存分析用于比较高、低风险组之间的总生存期(OS).受试者工作特征(ROC)曲线的曲线下面积(AUC)值用于评估模型的效能,并在测试队列和E-MTAB-1980 外部队列中进一步验证.结果 构建了一个4 基因预后风险模型,生存分析表明高风险组患者的OS较短.在训练队列中,该模型预测1、3、5 年OS的ROC曲线的AUC值分别为0.722、0.677、0.762.在测试队列和E-MTAB-1980 外部队列中,该模型仍然表现出满意的效能.用于构建模型的4 个CRs的表达情况也通过转录组测序得到验证,且风险评分是ccRCC的独立预后因素.此外,高风险组拥有更高的免疫活性和免疫细胞浸润水平.结论 本研究揭示了CRs在ccRCC中的重要作用.染色质调节因子相关的风险模型可以准确预测ccRCC患者的预后.
关键词：染色质调节因子肾透明细胞癌预后模型生物信息学
分类号：R737.11(泌尿生殖器肿瘤)R394(医学遗传学)
资助基金：广东省医学科学技术研究基金项目(A2022232)
论文发表日期：2023-07-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：9( 873-881 )
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