肺炎链球菌R6中Spr0934蛋白与铁色素相互作用机制的研究
王若男1
熊兴东2
刘新光2
曹锟2
1.广东医科大学科研平台服务管理中心,广东东莞5238082.广东医科大学衰老研究所,生物化学与分子生物学研究所,广东省医学分子诊断重点实验室,广东东莞523808
摘要：目的 探究肺炎链球菌R6中未知蛋白Spr0934与其潜在配体铁色素相互作用的机制.方法 基于Uniprot数据库对目标蛋白Spr0934进行同源序列比对,筛选出与其同源性较高的候选蛋白;利用Spr0934蛋白结构与铁色素配体进行分子对接;分子动力学模拟技术检测铁色素被靶标蛋白结合之后引起的结构变化,并分析二者的结合机理.结果 Spr0934与多个细菌蛋白具有较高同源性,其中铁色素结合蛋白4HMQ的活性中心与该蛋白相似性最高;分子对接的结果显示,铁色素与Spr0934的结合能量稳定在-6.27 kcal/mol,表明铁色素为潜在的配体分子;分子动力学模拟的结果证实,与apo Spr0934相比,该配体分子能让蛋白结构趋于稳定,蛋白整体波动性、溶剂可及表面积、氨基酸残基的灵活性均降低,二级结构各组分的比例更为合理.结论 在Spr0934与铁色素可能的相互作用机制中,直接相互作用的位点为Asn-83、Tyr-133、Tyr-225和Arg-231,而Ala-82、Tyr-84、Trp-158和Phe-255起辅助作用.
关键词：肺炎链球菌分子动力学模拟铁色素
分类号：Q518.4(蛋白质)
资助基金：国家自然科学基金(81971329)国家自然科学基金(82002104)广东省基础与应用基础研究基金项目(2019A1515110659)广东省医学科学技术研究基金项目(A2020381)广东医科大学博士学位人员科研启动基金(B2019018)广东医科大学科研基金自然科学类面上培育项目(GDMUM2020016)广东医科大学学科建设项目(4SG21008G)
论文发表日期：2022-02-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 11-14,33 )
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