基于生物信息学分析类风湿性关节炎的潜在治疗靶点
叶尔柏1
萧晓玲1
张森鹏1
叶芯妮1
何露露1
周玉其1
张维炊1
陈棉海1
王宇霓1
杜以宽2
杨春1
1.广东医科大学干细胞与再生组织工程重点实验室,广东东莞 5238082.东莞市人民医院中心实验室,广东东莞 523059
摘要：目的 生物信息学分析类风湿性关节炎(RA)关键基因及信号通路.方法 检索GEO数据库中关于类风湿关节炎的相关芯片GSE77298,构建差异基因蛋白质-蛋白质相互作用关系(PPI),进行GO富集分析和KEGG通路分析,通过AnimalTFDB数据库预测转录因子.结果 GSE77298芯片中筛选出1539个差异基因,其中有1156个上调基因和383个下调基因;信号通路主要表现为类风湿性关节炎、金黄色葡萄球菌感染、趋化因子、病毒性心肌炎、细胞因子-细胞因子受体相互作用等;hub gene为CXCL12、CD44和CDH2;hsa-miR-30a-3p、hsa-miR-34a-5p、hsa-miR-30d-3p等10种主要miRNA;预测主要转录因子为GTF3C2、GLYR1、TRIM24、YY1等.结论 CXCL8、SOCS3、TLR2等可能是RA关键基因,has-miR-340-5p等10个重要miRNA可能参与RA发病过程,YY1等转录因子可能参与RA的疾病过程.
关键词：类风湿关节炎差异表达基因生物信息学基因芯片
分类号：R593.22(全身性疾病)Q811.4(仿生学)
资助基金：广东省自然科学基金面上项目(2020A1515010011)广东省自然科学基金面上项目(2021A1515011580)广东省自然科学基金面上项目(2021B1515140012)广东省医学科学基金(B2021330)广东省医学科学基金(A2020096)广东医科大学大学生创新创业训练项目(GDMU2019003)广东医科大学大学生创新创业训练项目(GDMU2019041)广东医科大学大学生创新创业训练项目(GDMU2020010)广东医科大学大学生创新创业训练项目(GDMU2020078)广东医科大学大学生创新创业训练项目(GDMU2021003)广东医科大学大学生创新创业训练项目(GDMU2021049)国家级大学生创新创业训练计划项目(201910571063)国家级大学生创新创业训练计划项目(202010571003)国家级大学生创新创业训练计划项目(S202010571041)国家级大学生创新创业训练计划项目(20211057101)国家级大学生创新创业训练计划项目(S202110571078)
论文发表日期：2023-02-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：7( 16-22 )
英文信息