基于mRNA翻译起始因子eIF4E结构的药物发现
卢翠敏1
徐泳钰1
曾娟2
1.广东医科大学药学院,广东 东莞 5238082.广东医科大学生物医学工程学院(未来学院),广东 东莞 523808
摘要：目的 探究mRNA翻译起始因子eIF4E的结构和作用机理,为靶向eIF4E的药物设计提供参考信息.方法 综合性阐述eIF4E家族的三维结构,运用生物信息学方法分析eIF4E家族氨基酸序列的保守性;运用DoGSiteScorer软件预测eIF4E表面的结合口袋;运用LigPlot和PRODIGY软件,分析eIF4E与药物分子的作用模式、预测两者之间的结合自由能;最后运用Autodock Vina软件,针对eIF4E表面结合口袋,筛选ZINC数据库FDA批准的药物分子.结果 eIF4E表面存在 5 个潜在的药物分子结合口袋,其中结合口袋P0 体积最大,且大部分关键氨基酸都高度保守,为靶向eIF4E药物分子的主要结合口袋.结合口袋P2 比较刚性,且氨基酸的保守性不高.P2 适用于高通量筛选靶向eIF4E的药物分子,实验报道靶向P2 的药物分子Z5D具有很强的亲和力.研究结果发现有 5 个FDA批准的药物分子与eIF4E具有较强的结合能力,可作为设计eIF4E抑制剂的先导化合物.结合口袋P3 主要通过疏水作用结合药物分子,且与P0 和P2 之间存在协同效应.该协同效应表明可设计靶向eIF4E的联合用药方案.结论 eIF4E家族高度保守的氨基酸参与稳定eIF4E的三维结构,是结合口袋的重要组成部分,严重影响eIF4E与药物分子之间的相互作用.eIF4E表面存在 5 个结合口袋,其中P2 与药物分子Z5D具有很强的亲和力,可作为筛选药物分子的参考标准.有 5 个FDA批准的药物分子与eIF4E具有较强结合能力.
关键词：eIF4E分子对接序列分析结合口袋蛋白-药物相互作用
分类号：R730.53(一般性问题)
资助基金：国家自然科学基金(21603006)广东医科大学课程思政教育研究专项(2SZ21016)
论文发表日期：2024-08-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：10( 346-355 )
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