肌腱损伤免疫微环境稳态失调相关关键基因的识别和验证
尹金宝
熊晖
唐泽立
孙艳芹
广东医科大学基础医学院,广东 东莞 523808
摘要：目的 识别肌腱损伤免疫微环境稳态失调关键基因.方法 GSE26051 数据集中,基于"wilcoxon"检验筛选的差异表达基因谱构建加权基因共表达网络,以识别肌腱损伤相关基因模块.利用"ClusterProfiler"包对基因进行功能注释和富集分析,并借助"igraph"包构建基因互作网络并衡量节点重要性,通过Q统计量综合排序确定关键基因.运用"ssGSEA"包和"ConsensusClusterPlus"包对样本免疫微环境状态进行量化并聚类.分析不同状态下免疫细胞浸润的差异性,并对关键基因和不同免疫微环境状态关系进行分析和验证.结果 基于 2 571 个差异表达基因谱的加权基因共表达网络分析,确认蓝色、绿色和黄色模块为疾病相关基因模块,模块内 992 个基因显著富集在细胞外基质-受体相互作用、细胞周期、胶原代谢等通路.Q统计量排序显示ASPM、CCNB1、CENPF、CDCA5 和C1QTNF6 为关键基因.聚类分析表明肌腱损伤患者可以分为不同的免疫微环境状态.5 个关键基因在免疫激活状态具有更高的表达水平及更好的诊断性能,其表达水平与免疫激活之间的关联性也得到验证.结论 ASPM、CCNB1、CENPF、CDCA5 和C1QTNF6 可能是肌腱损伤免疫微环境稳态失调的关键基因.
关键词：肌腱病肌腱损伤加权基因共表达分析算法免疫微环境关键基因
分类号：R365(病理学)
资助基金：广东省基础与应用基础研究基金自然科学基金项目(2022A1515012190)湛江市科技发展专项资金竞争性分配项目(2022A01018)广东省医学科研基金(A2023169)
论文发表日期：2024-10-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：10( 535-544 )
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