香蕉细菌性软腐病菌XJ8-3-3基因组中ORFs的信号肽及分泌蛋白功能预测分析
肖文超1
范会云2
白亭亭2
王婉2
李华平1
1.亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室,广州510642;华南农业大学资源环境学院,广州510642;广东省微生物信号与作物病害防控重点实验室,广州5106422.亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室,广州510642;华南农业大学资源环境学院,广州510642
摘要：[目的]利用香蕉细菌性软腐病菌XJ8-3-3全基因组测序结果对其信号肽进行预测和分析,为深入研究其分泌蛋白、明确香蕉与病原微生物互作的分子机制奠定基础.[方法]应用SignalPv4.1、TMHMMv2.0、THUMBUP、TargetP1.1、LipoP1.0、TatP1.0、big-PI predictor 7个软件对香蕉细菌性软腐病菌基因组中4 313个ORFs进行预测分析,并通过swisspot数据库预测信号肽所在ORFs的功能.[结果]香蕉细菌性软腐病菌中存在具有信号肽的ORFs 218个,占其基因组编码ORFs的5.05％,其中有184个ORFs属于Ⅰ型信号肽,32个ORFs属于Ⅱ型信号肽,2个ORF为CYT型,未发现Prepilin-like型信号肽的存在.在所有分泌蛋白中,有122个具有可预测的功能,其余96个为功能未知的推定蛋白.[结论]解析了香蕉细菌性软腐病菌基因组ORFs中的信号肽及分泌蛋白的可能功能,发现存在很多果胶酶、蛋白酶、纤维素酶等致病因子和一系列其他可能的致病因子,这为后续致病机理的研究提供了众多候选基因.
关键词：香蕉细菌性软腐病菌信号肽分泌蛋白
分类号：S668.1(果树园艺)
资助基金：现代农业产业技术体系建设专项(CAR-32-05)
论文发表日期：2014-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
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