‘芙蓉李’转录组SSR信息分析与分子标记开发
方智振
叶新福
周丹蓉
姜翠翠
潘少霖
1.福建省农业科学院果树研究所,福州,3500132.福建省农业科学院果树研究所,福州,3500133.福建省农业科学院果树研究所,福州,3500134.福建省农业科学院果树研究所,福州,3500135.福建省农业科学院果树研究所,福州,350013
摘要：[目的]明确‘芙蓉李’转录组SSR总体特征,开发SSR引物,为李种质资源多样性分析和品种鉴定等奠定基础.[方法]采用MISA分析‘芙蓉李’转录组SSR位点信息,利用Primer3设计引物,并随机选择40对引物对8个李品种进行多态性分析.[结果]在‘芙蓉李’转录组中,共检测到7 601个SSR位点,分布于5 434条Unigene,SSR位点出现频率为54.51％(SSR位点数7 601与大于1 kb的Unigene数13 944的比值).其中,单核苷酸重复是主要类型,占总SSR的42.19％.其次是二、三核苷酸重复,分别占总SSR的37.72％和18.48％.A/T和AG/CT是单核苷酸和二核苷酸的优势重复基元.对7 601个SSR位点设计出4 235对SSR引物.随机选择40对引物进行PCR扩增,其中17对在8个李品种中表现出多态性.[结论]李转录组数据是开发SSR标记的有效来源,开发的SSR标记可为李种质资源遗传多样性分析等提供了丰富的候选标记.
关键词：李SSR转录组
分类号：S662.3(果树园艺)
资助基金：福建省科技重大专项专题(2013NZ0002-1)福建省农业科学院创新团队项目(CXTD-1316)福建省农业科学院青年英才计划专项(YC2015-9)福建省省属公益类科研院所基本科研专项(2014R1014-13)农业部热带种质资源保护项目(15RZZY-51)
论文发表日期：2016-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
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