龙眼miR172家族成员进化特性及其时空表达分析
张舒婷
朱晨
王培育
陈旭
陈晓慧
白玉
张梓浩
陈裕坤
赖钟雄
林玉玲
1.福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州,3500022.福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州,3500023.福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州,3500024.福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州,3500025.福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州,3500026.福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州,3500027.福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州,3500028.福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州,3500029.福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州,35000210.福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州,350002
摘要：[目的]研究龙眼miR172家族的进化特性及其在龙眼不同组织部位中的表达模式.[方法]采用生物信息学分析及实时荧光定量PCR的方法,对龙眼miR172家族5条前体(pre-miR172)序列及1条成熟体序列进行分析,并预测其前体二级结构,构建系统发育进化树,预测靶基因及分析不同组织部位的定量表达情况.[结果]对龙眼miR172家族5条前体序列进行多序列比对,发现miR172家族两端相对保守,中间区域则形成各自的特异性区域.对miR172家族5条前体及1条成熟体进行多序列比对,发现6条序列间存在1个约20个碱基的保守区域,推测该区域可能为miR172家族成熟体所在区域.Mfold软件预测结果显示,pre-miR172家族成员均能形成典型的茎环二级结构,其最小折叠自由能为-35.80～-54.45 kal· mol-1,较为稳定.系统发育进化树结果显示,龙眼pre-miR172家族成员与甜橙、毛果杨等植物的miR172亲缘关系较近.靶基因预测结果显示,龙眼miR172a的靶基因包括AP2、蝶呤型钼辅因子(molybdopterin cofactor)、谷氨酰-tRNA(glutamyl-tRNA)、假定蛋白(hypothetical protein)等.实时荧光定量PCR结果显示,miR172家族各成员在龙眼不同组织部位中的表达模式总体相似,均在叶芽和生殖生长阶段中大量表达,在营养生长阶段及果实中表达量则较低,但dlo-miR172-scaffold4293特异地在叶片中高表达.[结论]龙眼miR172家族在进化过程中保守性与特异性并存,且可能参与了龙眼部分器官的形成及发育过程.
关键词：龙眼miR172家族进化特性实时荧光定量PCR
分类号：S667.2(果树园艺)
资助基金：福建省自然科学基金杰出青年项目(2015J06004)国家自然科学基金(31672127)国家自然科学基金(31572088)福建省重大专项(2015NZ0002-1)新世纪优秀人才支持计划(20151104)福建农林大学杰出青年科研人才培养专项基金项目(xjq201405)
论文发表日期：2017-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：9( 1385-1393 )
英文信息