枣类甜蛋白基因家族的鉴定与生物信息学分析
刘潮
韩利红
王海波
高永
唐利洲
1.曲靖师范学院云南高原生物资源保护与利用研究中心·生物资源与食品工程学院·云南省高校云贵高原动植物多样性及生态适应性进化重点实验室,云南曲靖6550112.曲靖师范学院云南高原生物资源保护与利用研究中心·生物资源与食品工程学院·云南省高校云贵高原动植物多样性及生态适应性进化重点实验室,云南曲靖6550113.曲靖师范学院云南高原生物资源保护与利用研究中心·生物资源与食品工程学院·云南省高校云贵高原动植物多样性及生态适应性进化重点实验室,云南曲靖6550114.曲靖师范学院云南高原生物资源保护与利用研究中心·生物资源与食品工程学院·云南省高校云贵高原动植物多样性及生态适应性进化重点实验室,云南曲靖6550115.曲靖师范学院云南高原生物资源保护与利用研究中心·生物资源与食品工程学院·云南省高校云贵高原动植物多样性及生态适应性进化重点实验室,云南曲靖655011
摘要：[目的]从枣全基因组中鉴定类甜蛋白(thaumatin like protein,TLP)基因,为枣TLP基因的功能研究与利用提供参考.[方法]通过生物信息学方法从枣基因组数据库中鉴定TLP基因家族成员,并对基因结构、进化、启动子区顺式作用元件和密码子使用性等进行分析.[结果]共鉴定到34个枣TLP基因,位于9条染色体上,分为4种结构类型,基因结构相对较简单;系统发育进化分析归为9个聚类组,其中聚类组5和聚类组6中的成员最多;基因启动子区发现多个与增强基因表达、激素响应和胁迫响应相关的元件;基因密码子使用偏性弱,基因进化主要受碱基突变的影响.[结论]枣基因组中含有34个TLP基因家族成员,数量相对偏少;在植物生长、果实发育和抵御胁迫过程中发挥作用;进化过程中主要受突变选择压力影响.该研究为TLP基因家族的功能分析和遗传育种应用提供了参考和借鉴.
关键词：枣类甜蛋白生物信息学密码子使用性
分类号：S665.1(果树园艺)
资助基金：国家自然科学基金(31460179)国家自然科学基金(31760103)云南省地方本科高校基础研究联合专项(2017FH001-034)
论文发表日期：2018-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：9( 393-401 )
英文信息