石榴ARF基因家族鉴定及表达分析
黄贤斌
张太奎
刘翠玉
赵玉洁
魏洪珉
周涧青
苑兆和
1.南京林业大学南方现代林业协同创新中心,南京210037;南京林业大学林学院,南京2100372.南京林业大学南方现代林业协同创新中心,南京210037;南京林业大学林学院,南京2100373.南京林业大学南方现代林业协同创新中心,南京210037;南京林业大学林学院,南京2100374.南京林业大学南方现代林业协同创新中心,南京210037;南京林业大学林学院,南京2100375.南京林业大学南方现代林业协同创新中心,南京210037;南京林业大学林学院,南京2100376.南京林业大学南方现代林业协同创新中心,南京210037;南京林业大学林学院,南京2100377.南京林业大学南方现代林业协同创新中心,南京210037;南京林业大学林学院,南京210037
摘要：[目的]筛选并分析石榴生长素响应因子(auxin response factor,ARF)基因家族,为解析石榴ARF基因功能及信号转导调控机制的研究提供参考.[方法]利用生物信息学工具,系统地分析石榴ARF基因家族成员的基因结构、蛋白理化性质、蛋白结构、保守基序、系统进化和RNA-Seq数据.[结果]石榴全基因组中鉴定出19个可能的ARF家族基因,根据系统发育树可以划分为4类.PgARF基因家族成员的扩张与全基因组复制事件有关,存在串联重复现象.RNA-Seq数据分析表明,PgARF有一定的组织表达特异性,存在假基因化和新功能化的可能.[结论]整合以上基因结构、系统发育与进化、RNA-Seq表达等分析结果,发现石榴ARF蛋白具有典型的B3、Auxin_resp结构域,多数还具有Aux/IAA结构域.石榴ARF基因家族基因结构和保守基序的进化与进化时间相关,同时家族成员扩张主要与全基因组复制事件相关.
关键词：石榴ARF基因家族进化分析表达分析
分类号：S665.4(果树园艺)
资助基金：南京林业大学高层次人才科研启动基金(GXL2014070)南京林业大学优秀博士学位论文创新基金(KYLX16_0857)
论文发表日期：2019-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：13( 43-55 )
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