基于基因组重测序数据高效筛选梨SSR标记多态性引物
蒋爽
骆军
王晓庆
施春晖
1.上海农业科学院林木果树研究所·上海市园艺重点实验室,上海2014032.上海农业科学院林木果树研究所·上海市园艺重点实验室,上海2014033.上海农业科学院林木果树研究所·上海市园艺重点实验室,上海2014034.上海农业科学院林木果树研究所·上海市园艺重点实验室,上海201403
摘要：[目的]基于重测序数据开发一种快速筛选样品间SSR标记多态性的方法.[方法]通过基因组重测序技术对2个砂梨品种‘早生新水’和‘秋水’、1个西洋梨栽培品种‘早红考密斯’以及3个梨属野生种豆梨、川梨和杜梨进行重测序,对已报道的446对梨SSR引物和新开发16对引物进行多态性测试,使用Magicblast匹配测序产生的Reads到上述SSR位点序列,获得SSR两侧保守序列之间的长度,筛选出多态性的引物.使用荧光PCR对部分筛选出的多态性引物进行验证.[结果]单个SSR位点在不同样品间获得匹配的平均Reads数能够超过16条,每个样品均获得了220个以上位点的信息,380对引物在不同样品间能够获得多态性的片段.精确分析了梨LG3早熟候选区域29个SSR位点在‘早生新水’和‘秋水’中的扩增情况,共鉴定出9个多态性表现好的位点.荧光PCR验证结果显示,通过预备筛选的引物表现出良好的多态性.[结论]本研究的方法一次能够筛选多对SSR引物,在常规PCR前可以预先获得不同引物的多态性信息,从而提高引物筛选效率.本方法不仅能应用于梨重测序数据快速筛选SSR引物,对其他动植物上的类似研究同样适用.
关键词：梨重测序SSR标记多态性
分类号：S661.2(果树园艺)
资助基金：上海市市级农口系统青年人才成长计划(2013TD05)上海市种业发展项目(沪农科种字2017-3-2)
论文发表日期：2019-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：8( 129-136 )
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