‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征分析
王小柯
郑乾明
罗怿
柏自琴
李文云
李金强
蔡永强
1.贵州省农业科学院果树科学研究所,贵阳,5500062.贵州省农业科学院果树科学研究所,贵阳,5500063.贵州省农业科学院果树科学研究所,贵阳,5500064.贵州省农业科学院果树科学研究所,贵阳,5500065.贵州省农业科学院果树科学研究所,贵阳,5500066.贵州省农业科学院果树科学研究所,贵阳,5500067.贵州省农业科学院果树科学研究所,贵阳,550006
摘要：[目的]分析贵州地方柑橘品种‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征及分子标记,为研究该品种的系统进化关系、丰富柑橘类果树叶绿体分子标记奠定基础.[方法]提取‘惠水金橘’成熟叶片总DNA,构建小片段插入文库并测序,以甜橙叶绿体基因组为参考,筛选叶绿体基因组相关序列组装,开展SSR(simple sequence repeat,简单重复序列)预测、SNP (single nucleotide polymorphisms,单核苷酸多态性)/InDel (insertion-deletion,插入缺失)分析以及聚类分析.[结果]组装后获得叶绿体基因组全长为160 698 bp,GC含量为38.42％,共有117种基因被注释;检测到92个SSR位点,大部分的SSR位点都偏向于A/T组成;检测到417个SNPs位点、149个InDels位点、InDel的标记密度约为每kb 0.927个.进化树显示该品种与其他宽皮柑橘聚为一大类.[结论]利用高通量测序技术挖掘柑橘叶绿体基因组DNA分子标记是可行的.
关键词：柑橘叶绿体基因组高通量测序SSRsSNP/InDels
分类号：S666.2(果树园艺)
资助基金：国家现代农业(柑桔)产业技术体系建设专项(CARS-26)贵州省科技攻关项目(黔科合NZ[2015]3001)
论文发表日期：2019-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：9( 257-265 )
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