龙眼HDAC家族成员的全基因组鉴定及表达分析
李晓斐
张舒婷
陈晓慧
申序
蒋梦琦
刘蒲东
陈裕坤
林玉玲
赖钟雄
1.福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州3500022.福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州3500023.福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州3500024.福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州3500025.福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州3500026.福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州3500027.福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州3500028.福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州3500029.福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州350002
摘要：[目的]研究龙眼HDC家族的进化特性及其在体胚发生过程及不同激素处理下的表达模式.[方法]对龙眼HDAC (DlHDAC)家族成员进行全基因组鉴定及生物信息学分析,结合转录组数据分析DlHDAC家族在龙眼非胚性及胚性培养物及不同组织器官中的表达情况,采用qRT-PCR检测龙眼体胚发生过程及不同激素处理下DlHDAC家族的表达模式.[结果]DlHDAC家族可分为RPD3/HDA1、HD2和SIR2亚家族,均为亲水性蛋白质,亚细胞定位显示主要分布于细胞核中.RPD3/HDA1亚家族含有HDAC结构域,HD2亚家族含有C2H2型锌指和Nucleoplasmin结构域,SIR2亚家族含有SIR2结构域.RPD3/HDAl和SIR2亚家族蛋白结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,HD2亚家族以无规则卷曲为主.DlHDAC启动子序列中包含众多光响应、激素应答、胁迫响应及与植物生长相关作用元件;转录组数据显示DlHDAC家族大部分成员在ICpEC和GE阶段高表达;且在龙眼果实,种子及根中高表达.qPCR分析显示,DlHDA6、DlSRT1-1、DlHDT1和DlHDT3在GE阶段上调表达;在脱落酸(ABA)、茉莉酸甲酯(MeJA)、赤霉素(GA3)和水杨酸(SA)处理下DlHDA8、DlHDA9、lSRT1-1、DlSRT2、DlHDT1和DlHDT3均被不同程度地诱导表达.[结论]DlHDAC在进化过程中保守性与特异性并存,可能参与龙眼果实、种子及根的生长发育过程,并通过响应ABA、SA和GA3的表达来调控龙眼体胚发生.
关键词：龙眼去乙酰化酶基因生物信息学分析全基因组鉴定实时荧光定量PCR
分类号：S667.2(果树园艺)
资助基金：国家自然科学基金(31572088)国家自然科学基金(31672127)福建省高原学科建设经费(102/71201801101)福建农林大学科技创新专项基金(CXZX2017189)福建农林大学科技创新专项基金(CXZX2017314)福建农林大学科技创新专项基金(CXZX2018076)福建农林大学科技创新专项基金(KF2015108)
论文发表日期：2020-06-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：15( 793-807 )
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