枇杷LTR类反转录转座子RT序列的克隆及分析
罗昌斌1
范付华2
尚先文1
1.贵州大学贵州省森林资源与环境研究中心,贵阳550025;贵州大学林学院,贵阳5500252.贵州大学贵州省森林资源与环境研究中心,贵阳550025;贵州大学贵州省高原山地林木培育重点实验室,贵阳550025;贵州大学林学院,贵阳550025
摘要：[目的]揭示枇杷LTR类反转录转子座RT序列在枇杷基因组中的异质性,为枇杷转座子进化和多样性研究提供依据.[方法]以普通枇杷野生种质的叶片为材料,通过简并引物从枇杷基因组中扩增得到Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶序列,并对其序列变化特点进行生物信息学分析.[结果]最终获得38条Ty1-copia类RT序列和24条Ty3-gypsy类反转录转座子RT序列.其中Ty1-copia类反转录转座子RT序列的长度为257～266bp,序列相似率为22.6％～97.6％,聚类结果显示,其核苷酸序列存在Maxium、TAR和Angela 3个支系.将核酸序列翻译为氨基酸后,有4条序列发生移码突变,12条序列发生终止密码子突变.Ty3-gypsy类反转录转座子RT序列的长度为429～438bp,序列相似率为48.1％～99.3％,聚类结果显示,其核苷酸序列存在Tat和Reina2个支系.将核酸序列翻译为氨基酸后,有3条序列发生移码突变,7条序列发生终止密码子突变.对序列同义突变率与非同义突变率的分析结果显示,枇杷Ty1-copia和Ty3-gypsy类RT序列dN/dS均小于1.与其他植物反转录转座RT氨基酸序列进行比对,发现枇杷、梅、苹果、李可能具有共同起源.[结论]所获得的枇杷反转录转座子反转录酶氨基酸序列具有高度异质性,序列在进化过程中受到纯化选择的作用.对不同物种反转录转座RT氨基酸序列进行比对,结果表明,反转录转座子在枇杷和其他物种间可能存在横向传递.
关键词：枇杷反转录转座子反转录酶Ty1-copiaTy3-gypsy异质性
分类号：S667.3(果树园艺)
资助基金：一流学科建设项目(GNYL(2017)007)
论文发表日期：2021-04-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：14( 471-484 )
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