葡萄病毒B内蒙古分离物全基因组序列分析
刘晓萌1
张磊1
李小燕1
付崇毅2
宋培玲2
孙平平1
李正男1
1.内蒙古农业大学园艺与植物保护学院,呼和浩特 0100182.内蒙古农牧业科学院,呼和浩特 010031
摘要：【目的】获得葡萄病毒B（Grapevine virus B，GVB）内蒙古分离物全基因组序列，并且分析该病毒基因组结构及与已报道的GVB分离物的序列一致性和系统进化关系。【方法】以阳光玫瑰葡萄叶片为样品，提取RNA，根据NCBI中Genbank数据库中已报道的22条GVB全基因组序列的保守区分别设计3对GVB基因片段扩增所用引物，采用RT-PCR结合RACE技术，克隆GVB全基因组序列，并进行序列分析和同源性比对以及系统进化关系的分析。【结果】成功获得了2个GVB内蒙古分离物全长基因组（GVB Hohhot-1、GVB Hohhot-2），大小均为7609 nt，均编码5个开放阅读框（open reading frame，ORF）。GVB Hohhot-1、GVB Hohhot-2分离物与22个已报道的GVB分离物全基因核苷酸一致性分别为74.9%~96.5%和74.8%~96.4%。系统发育分析结果表明，24个GVB分离物基于全基因组序列构建的进化树分为2个大组，基于外壳蛋白(coat protein，CP)基因序列构建的进化树分为4组。本研究中2个GVB内蒙古分离物与加拿大分离物（登录号：MZ440726）的亲缘关系最近，一致性分别为96.5%、96.4%。在24个GVB全长基因组序列间无重组事件。【结论】首次获得GVB内蒙古分离物的全基因组序列，分析了基因组的基本特征，并且阐明了该病毒与已报道的GVB分离物的序列一致性和系统进化关系，为我国GVB分类地位、病毒进化规律研究，以及后续开展侵染性克隆奠定了一定基础。
关键词：葡萄病毒B基因组系统发育分析重组
分类号：S663.1(果树园艺)
资助基金：内蒙古自治区科技计划项目(2022YFDZ0029)内蒙古自治区科技计划项目(2021GG0229)内蒙古自治区自然科学基金项目(2019MS03021)内蒙古农业大学高层次人才科研启动金项目(NDYB2018-3)内蒙古农业大学高层次人才科研启动金项目(NDYB2019-1)
论文发表日期：2022-10-10
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：11( 1911-1921 )
英文信息