基于特征性SNP鉴定mRNA在柑橘砧穗间的转移
邓立乐
周凡沁
潘志勇
华中农业大学园艺林学学院·园艺植物生物学教育部重点实验室,武汉 430070
摘要：[目的]以红夏橙和枳为试材鉴定柑橘砧穗间mRNA的可传递性.[方法]对建立的红夏橙/枳和枳/枳2个砧穗嫁接组合的接穗和砧木分别进行转录组测序;然后将组装的枳转录组与前人发布的红夏橙转录组进行比对分析,以获得的红夏橙和枳基因组各自的特征性SNP为评判标准,获得从红夏橙转移到枳和从枳转移到红夏橙的候选mRNA;对这些候选mRNA进行SNP-RT-PCR验证.[结果]通过比对红夏橙和枳的转录组与基因组数据得到两者间的特征性SNP位点共254580个,并以此为标准选出30个可从红夏橙转移到枳候选mRNA,及24个可从枳转移到红夏橙的候选mRNA.对候选mRNA进一步验证得到3个可转移的mRNA,随后进行功能预测发现从红夏橙转移到枳的mRNA其基因Cs2g16070.1编码1个邻甲基转移酶;从枳转移到红夏橙中的mRNA其基因Pt2g028010.4编码1个泛素蛋白连接酶UPL5;另一个从枳转移到红夏橙中的mRNA其基因Pt3g020940.1编码1个尿苷二磷酸糖基转移酶.[结论]枳砧木中有2个基因(Pt2g028010.4和Pt3g020940.1)编码的mRNA可转移到红夏橙接穗;红夏橙接穗中有1个基因(Cs2g16070.1)编码的mRNA可转移到枳砧木.
关键词：柑橘砧穗互作SNP可传递mRNA
分类号：S666(果树园艺)
资助基金：国家重点研发计划(2018YFD1000103)国家重点研发计划(2020YFD1000102)国家柑橘产业技术体系项目(CARS-26)国家自然科学基金(32172515)
论文发表日期：2022-12-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：8( 2217-2224 )
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