基于SLAF-seq技术的不同类型越橘遗传变异和群体结构研究
刘有春1
李嘉琦1
魏鑫1
杨艳敏1
张舵1
王兴东1
孙斌1
杨玉春1
王升1
高树清1
王宏光1
徐艺格1
袁兴福2
刘成1
1.辽宁省果树科学研究所,辽宁营口 1150092.辽宁省农业科学院,沈阳 110161
摘要：[目的]利用越橘属栽培品种及野生资源在全基因组范围内筛选差异SNP分子标记,分析其遗传变异,了解不同类型群体间的遗传变异、基因交流、群体结构,为越橘种质创新提供遗传背景依据.[方法]以越橘属9个种的62份种质资源为材料,利用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq)获得的基因组SNP标记比对到品种Draper参考基因组上,进行供试材料遗传研究.[结果]测序获得169.87 Mb reads数据,平均Q30值94.99％,包含172513个多态性SLAF标签,筛选到高质量SNP标记4133595个,均匀分布在越橘12条染色体上.基于SNP标记的系统进化树准确反映了供试野生、北高丛和南高丛类群遗传差异以及品种间系谱遗传关系,反映出野生类型与栽培品种遗传差异显著,供试野生种具有独立的遗传背景且种间无基因交流发生,但野生种到栽培种存在单向的基因流;栽培品种类群存在明显的亚群结构,亚群间存在普遍的基因交流;半高丛品种北陆和南高丛品种军号与北高丛类型紧密聚类,矮丛品种美登、半高丛品种北村、黑珍珠遗传背景倾向于野生种.[结论]栽培品种近亲杂交和骨干亲本高频率使用导致品种间基因交流频繁、同质性高、遗传基础狭窄,野生种具有独立的遗传背景,但存在野生种到栽培种的单向基因流,应加大野生资源发掘利用以拓宽越橘遗传基础.
关键词：越橘SLAF-seq技术SNP遗传群体结构
分类号：S663.9(果树园艺)
资助基金：现代农业产业技术体系(CARS-29-yc-10)辽宁省揭榜挂帅科技攻关专项(2021JH1/10400036)
论文发表日期：2023-08-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：12( 1534-1545 )
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