苹果PIN家族基因鉴定及在不定根形成中的表达分析
方森
宋雪莲
韩轩轩
宋春晖
焦健
王苗苗
宋尚伟
郑先波
白团辉
河南农业大学园艺学院,郑州 450046
摘要：[目的]探究苹果PIN全基因组特征及在不定根形成过程中的表达分析,以便更深入地了解其结构特点与潜在功能,为研究不定根形成的分子机制奠定基础.[方法]利用苹果基因组数据库GDR和HMMER对苹果PIN基因家族成员进行鉴定并编号,用MEGA、TBtools和MEME等生物信息学软件对其家族成员的基因定位、系统进化关系、基因结构、保守motif基序和蛋白保守结构域等进行分析,并采用qRT-PCR方法对PIN基因家族成员在不定根形成中的表达模式进行分析.[结果]苹果PIN基因家族有13个成员,分布于基因组8条染色体上,氨基酸数目在357～660个之间,蛋白质分子质量为38.84～71.61 ku,等电点在6.93～9.35之间.启动子作用元件分析表明,13个PIN启动子上含有响应激素、生长发育和逆境相关的顺式作用元件,其中有8个PIN基因含有生长素响应作用元件,暗示他们可能参与生长素调控不定根形成.转录组分析显示,13个PIN家族成员中,有6个基因(MdPIN3、MdPIN4、MdPIN6、MdPIN7、Md-PIN11和MdPIN12)在吲哚丁酸(IBA)处理下表达上调.进一步通过qRT-PCR分析,发现MdPIN3、MdPIN4、MdPIN6和MdPIN11在IBA处理下都有明显上升趋势,其中MdPIN4表达量变化最大.[结论]通过对苹果全基因组进行分析,共鉴定到13个PIN基因,分布在8条染色体上,通过转录组和qRT-PCR分析,推测MdPIN4可能在调控苹果砧木不定根形成中起着重要作用.
关键词：苹果PIN全基因组鉴定不定根形成基因表达分析
分类号：S661.1(果树园艺)
资助基金：国家重点研发计划(2019YFD1000100)国家重点研发计划(2018YFD1000300)国家自然科学基金(31872058)河南省科技攻关项目(222102110041)河南省大宗水果产业技术体系(ARRS-22-09-Z2)
论文发表日期：2023-09-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：11( 1789-1799 )
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