马家柚叶绿体基因组特征及其密码子偏好性分析
尹明华1
余璐2
周佳慧2
刘李娜2
徐文萱2
孙美龄2
1.上饶师范学院生命科学学院,上饶 334001;上饶农业技术创新研究院,上饶 334001;上饶师范学院马家柚产业研究院,上饶 334001;上饶市药食同源植物资源保护与利用重点实验室,上饶 334001;上饶市薯芋类作物种质保存与利用重点实验室,上饶 3340012.上饶师范学院生命科学学院,上饶 334001
摘要：[目的]为了明确马家柚叶绿体基因组结构特征及其与同属类群的系统发育关系,阐明马家柚在柑橘属中的分类地位,对马家柚叶绿体基因组的特征及其密码子的偏好性进行分析.[方法]采用DNBSEQ-T7测序平台对马家柚进行测序,采用Noveplastys、CAP3、GeSeq和tRNAscan-SE软件对马家柚叶绿体基因组进行组装、注释;采用CGViewServer、MISA、REPuter、CodonW、Gview、IRscope、NADnaSP6.0 软件对马家柚叶绿体基因组特征进行分析;采用MAFFT 7.0和FastTree 2.1.10软件对马家柚及其85个同科种和山小橘属3个外群种叶绿体基因组进行序列比对和建树.[结果]马家柚叶绿体基因组全长160 186 bp,包括1个大单拷贝(LSC)区、1个小单拷贝(SSC)区和2个反向重复(IR)区,为典型闭合环状双链结构.马家柚叶绿体基因组共注释到133个功能基因,包括88个编码蛋白(CDS)基因、8个核糖体RNA(rRNA)基因和37个转运RNA(tRNA)基因.马家柚叶绿体基因组共检测到79个简单序列重复(SSR)和34个长序列重复(Longrepeat).马家柚叶绿体基因组非编码区的变异程度高于基因编码区,LSC区的变异性＞SSC区＞IR区,SC/IR边界较为保守.马家柚叶绿体基因组平均ENC值为48.02,密码子偏好性较弱.马家柚叶绿体基因组密码子使用偏好性主要受自然选择的影响,受内部突变的影响小.马家柚叶绿体基因有10个最优密码子(AAU、UGU、AAA、UUU、GCU、GGA、CCA、ACU、CGU、AGU),均以A、U结尾.马家柚与西双版纳东试早柚(KY055833,来源地:云南)、日本夏橙(ON 193075,来源地:韩国)、福建六月早蜜柚(MT527726,来源地:福建)、福建琯溪蜜柚(MN782007,来源地:福建)有亲缘关系.[结论]马家柚是一个柑橘属中较为独特的品种,该研究结果为进一步研究马家柚的遗传资源、物种资源鉴定和系统发育分析提供了理论依据.
关键词：马家柚叶绿体基因组序列特征密码子偏好性最优密码子系统发育分析
分类号：S666.3(果树园艺)
资助基金：国家自然科学基金(31960079)国家自然科学基金(31860084)国家自然科学基金(32060092)江西省现代农业产业技术体系建设专项(JXARS-13)江西省科技厅重点研发计划一般项目(20202BBG73010)江西省教育厅科学技术研究项目(GJJ201704)江西省教育厅科学技术研究项目(GJJ211729)上饶市科技局平台载体建设项目(2020J001)
论文发表日期：2024-05-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：23( 824-846 )
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