胡柚新品种01-7的AS-PCR和dCAPS标记开发与应用
吴伊静1
张慧艺1
苗长久2
汪丽霞3
杨兴良3
陈文博2
徐昌杰4
陈昆松4
1.浙江大学农业与生物技术学院园艺系,杭州 3100582.浙江省全省园艺作物品质调控重点实验室,杭州 3100583.常山县农业特色产业发展中心,浙江常山 3242004.浙江大学农业与生物技术学院园艺系,杭州 310058;浙江省全省园艺作物品质调控重点实验室,杭州 310058
摘要：[目的]挖掘胡柚新品种01-7和普通胡柚间的差异单核苷酸多态性(SNP),据此开发可区分01-7与其他胡柚的分子标记.[方法]对01-7a和普通胡柚ZZ(祖宗树)进行全基因组重测序,利用生物信息学分析方法挖掘两份材料间的纯合SNP.采用PCR、克隆结合Sanger测序对SNP的正确性进行验证,进而开发等位基因特异PCR(AS-PCR)和衍生酶切扩增多态性(dCAPS)分子标记体系,最后应用12份胡柚材料就AS-PCR和dCAPS分子标记的普适性进行评估.[结果]对01-7a和普通胡柚ZZ重测序原始数据进行过滤,共获得高质量碱基数36.06 Gb.利用生物信息学手段挖掘出一个纯合SNP:Chr1_7111834_G/A.01-7a和普通胡柚ZZ在该SNP位点的基因型分别是A/A和G/G,这一结果得到了经典的基因克隆-Sanger测序确认.基于此SNP开发了 AS-PCR和dCAPS分子标记,经对12份胡柚材料测试,表现符合预期:AS-PCR-F1在所有4份01-7中扩增出特异条带,而在其他胡柚材料中无扩增:AS-PCR-F2在01-7中无扩增,在其他胡柚材料(脆红除外)中扩增出特异条带;所有4份01-7材料在dCAPS分析中出现酶切条带,而在其他胡柚材料(脆红除外)中不被酶切.脆红因突变产生天然的酶切识别位点而被酶切.经典的基因克隆-Sanger测序结果确认两种标记正确区分了基因型,并发现脆红有着不同于其他胡柚的分子标记条带是由于它在该SNP位点侧翼还有额外的序列变异.[结论]基于全基因组重测序数据挖掘出01-7a胡柚和普通胡柚ZZ间的一个纯合SNP,据此开发了 AS-PCR和dCAPS分子标记,该两标记可区分01-7、脆红、夏红和其他胡柚.
关键词：胡柚全基因组重测序SNPAS-PCRdCAPS
分类号：S666.3(果树园艺)
资助基金：浙江省三农九方科技协作计划项目(2022SNJF083)浙江大学全国农业科技现代化先行县(常山)建设项目(588970-Y12202)衢州市科技计划项目(2022K25)
论文发表日期：2024-07-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：12( 1310-1321 )
英文信息