利用InDel标记鉴定不同橘柚品种
余歆1
郭意2
刘小丰1
万润楚1
江东1
曹立1
1.西南大学柑桔研究所,重庆 4007122.四川东坡中国泡菜产业技术研究院,四川眉山 620036
摘要：[目的]橘柚(tangelo)是一类含有橘(mandarin,Citrus reticulata Blanco)和柚[pummelo,C.maxima(Burm.)Merr.]血统的杂种柑橘.旨在挖掘能快速有效区分和鉴定不同橘柚品种的插入缺失(InDel)分子标记.[方法]利用第二代测序技术对两种橘柚(阳光1号和阳光2号)及其亲本(爱媛28号和春香)进行全基因组重测序,通过生物信息学分析和琼脂糖凝胶电泳检测,挖掘、筛选和确定大于30 bp或小于-30 bp的InDel标记,使用这些标记鉴定和区分10个不同橘柚品种,并对共51份种质资源进行基因分型及遗传多样性分析.[结果]在4个柑橘品种的基因组共鉴定到607 376个InDel位点,产生657 414种变异方式,并进一步筛选出48个大于30 bp或小于-30 bp的InDel标记.他们适用于普通琼脂糖凝胶电泳检测,操作简单,省力省时,成本低.这些InDel标记能够对10个橘柚品种进行基因分型,区别和鉴定不同橘柚品种,在51份种质资源中具有遗传多样性,其中I3 744、I7 170、I8_516、I8_533、I9_669等InDel标记具有高多态信息含量(PIC)和期望杂合度(He)及低最大等位基因频率(MAF)的特点.基于这48个InDel标记基因分型的主坐标分析(PCoA)展示了 51份种质资源的遗传距离,他们在PCoA二维散点图中的分布与已知的柑橘类型划分总体一致.[结论]发掘的48个适合普通琼脂糖电泳检测的InDel标记能准确快速区分和鉴定不同橘柚品种,也有助于对柑橘作物的遗传多样性和群体进行分类分析.
关键词：柑橘橘柚InDel分子标记遗传多样性
分类号：S666(果树园艺)
资助基金：柑橘种质资源精准鉴定项目(19230691)抚州市揭榜挂帅项目(XMBH00091)
论文发表日期：2024-08-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：13( 1477-1489 )
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