梨亚科5个属S-RNase基因的序列特征及进化分析
梁文杰1
谢志亮1
乌云塔娜2
1.温州科技职业学院,浙江温州 3250062.中国林业科学研究院经济林研究所,郑州 450003
摘要：[目的]分析梨亚科5个属S-RNase基因序列特征及其进化规律.[方法]收集GenBank数据库中5个属S-RNase基因CDS全长、大于330 bp的外显子片段以及内含子序列,剔除重复序列后,利用MEGA 11软件对其进行序列和多态性分析,并利用多序列比对结果构建系统进化树;计算S-RNase基因RSCU值,以欧式平方距离作为基因间进化距离进行聚类分析.利用MEGA11软件计算梨亚科5个属S-RNase基因序列碱基组成及密码子使用偏好.[结果]GenBank数据库中剔除重复序列后,共收录梨亚科5个属S-RNase基因CDS全长序列90条,长度范围为678～711 bp;大于330 bp的外显子片段序列有140条.梨亚科5个属S-RNase基因序列各区域分析表明:C2-HV、C4-C5、C5-和HV区存在较多的共性特征;编码区、内含子、密码子使用偏好聚类的进化树均没有明显种和属的界限.S-RNase基因3个位置的碱基含量均呈现A+T大于C+G,HV区3个位置CG分布较为一致.[结论]梨亚科5个属S-RNase基因除了HV区,C2-HV、C4-C5和C5-也具备参与S位点识别的可能性.同时,梨亚科5个属S-RNase基因的分化早于5个属的分化时间且S-RNase基因密码子存在一定的偏好.
关键词：梨亚科雌蕊S基因序列特征密码使用偏好进化分析
分类号：S661.2(果树园艺)
资助基金：国家自然科学基金(31000309)规划局专项(2023)
论文发表日期：2025-03-10
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：14( 462-475 )
英文信息