猪流行性腹泻暴发后康复仔猪的 基因组学分析
陈静波
周琳
曾浩廉
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摘要：猪流行性腹泻病毒(Porcine Epidemic Diarrhea Virus,PEDV)属于冠状病毒科(Coronaviridae),能引起猪吸收不良性水样腹泻、呕吐、脱水和血液电解质紊乱.自20世纪70年代以来,PED暴发已成为全世界各国养猪生产的主要问题,造成巨大的经济损失.虽然成年猪感染PED不会死亡,但新生哺乳仔猪感染的死亡率可达100%.本研究对PED暴发过后的商业猪场中死亡猪和存活猪的基因组进行了对比分析.采集三个国家(美国、加拿大和德国)五个不同猪场262头猪(商业品系)的样本(其中156头死亡猪样本,106头康复猪样本),以猪80 K SNP芯片进行基因分型.在死亡和康复猪基因组的1 Mb非重叠区内计算平均Fst值(Fst是表征亚群体间的遗传分化尺度.可以对不同人群之间遗传关系的远近进行量化),计算结果进行均一化(normalized)处理以发现其中的差异.在死亡和康复猪之间,检测到7个检测窗口表现出高度趋异化,其中5个位于2号染色体,1个位于4号染色体,1个位于15号染色体,共含152个基因.其中少数基因在很多病毒感染中过量或过低表达,包括冠状病毒(如非典型性肺炎冠状病毒).隶属于一个或多个Gene Ontology语义中的32个基因都与PED的感染发展过程有关,如高尔基体,此外,还与恢复或腹泻病情发展(细胞增殖、离子转运、腺苷三磷酸酶活性)的机制相关.综上所述,本文首次从基因图谱分析揭示了哺乳仔猪从PEDV中快速恢复的原因和能力.
关键词：Fst仔猪猪流行性腹泻病毒恢复
分类号：S852.21(动物医学（兽医学）)
论文发表日期：2017-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 44-48 )