沙子岭猪与大约克夏猪背最长肌miRNA-mRNA共调控网络分析
刘晓林1
许栋2
刘付穗1
陈文武1
王开明1
肖镧林1
陈博赫1
易磊1
刘财洪1
刘静雯1
徐信1
付显创1
马海明1
邓秋纯1
1.湖南农业大学动物科学技术学院/岳麓山实验室,湖南长沙 410128;农业农村部畜禽资源(猪)评价利用重点实验室,湖南长沙 4101282.岳阳职业技术学院生物环境工程学院,湖南岳阳 414000
摘要：微小核糖核酸(microRNA,miRNA)是一类非编码核糖核酸(ribonuclei acid,RNA)小分子,长度约为22个核苷酸.本研究对沙子岭猪和大约克夏猪背最长肌组织表达谱芯片和转录组数据进行分析,旨在揭示这两个猪种的miRNA与信使RNA(messenger RNA,mRNA)的差异表达特征及其调控网络.试验通过小RNA测序共鉴定出307个miRNA,其中9个显著差异表达(5个上调,4个下调),并分别在沙子岭猪和大约克夏猪中鉴定出4个和5个特异性miRNA;转录组分析显示鉴定出553个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),其中341个上调,212 个下调.整合分析发现 8 个差异表达miRNA(differentially expressed miRNAs,DEMs)与 59个DEGs形成70对调控关系,构建了关键共调控网络.基因本体论(gene ontologo,GO)富集分析表明,靶基因显著参与肌肉收缩调控、脂肪酸氧化等生物过程;京都基因和基因组数据库(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析揭示丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号通路、FoxO(Forkhead box O,FoxO)信号通路和铁死亡等代谢调控途径的显著富集,其中MAPK14基因同时参与内分泌抵抗与免疫调控,ACOX1基因在丙酸和碳代谢中发挥双重作用.这些发现系统解析了沙子岭猪与大约克夏猪肌肉组织在电生理特性、能量代谢和分子调控水平的关键差异,为解析猪种质特性形成的分子机制提供了新见解.
关键词：背最长肌miRNA芯片Solexa测序沙子岭猪约克夏猪
分类号：S813.1(普通畜牧学)
资助基金：国家科技重大专项(2023ZD0406)平台人才计划项目(202305AF150211)
论文发表日期：2025-02-27
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 44-49 )