结合基因芯片与单细胞转录组鉴定反复种植失败患者子宫内膜的细胞间通讯
吴春蕾
赵晓丽
邱韵桓
王宝娟
董融
李凯茜
夏天
300193 天津中医药大学第一附属医院,国家中医针灸临床医学研究中心
摘要：目的:利用生物信息学分析法挖掘胚胎反复种植失败(recurrent implantation failure,RIF)患者的相关关键基因,鉴定人子宫内膜中细胞亚群及细胞间通讯,探讨其对子宫内膜容受性的影响.方法:从高通量基因表达(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中下载GSE103465数据集、GSE183837数据集和GSE223672数据集为研究样本,以RIF患者及对照组女性的子宫内膜组织数据为研究对象,使用R语言及Perl软件将原始数据经过质量分析后利用limma包筛选差异基因,使用筛选的差异基因进行基因本体论(gene ontology,GO)及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genome,KEGG)分析,构建蛋白互作网络(Protein-Protein Interaction Networks,PPI网络),筛选关键基因,利用R语言相关包进行单细胞注释与分类,使用筛选的差异基因构建细胞间通讯图谱.结果:筛选出关键基因RPF2、DDX27、PWP2、CDC5L、NOP2、DCAF13、CEBPZ、FTSJ1、GNL3L和NSUN2,鉴定RIF患者子宫内膜的主要细胞类型分别为上皮细胞、自然杀伤细胞、粒单核祖细胞、内皮细胞和平滑肌细胞,差异基因富集的GRN、SPP1、PTN、MIF、MK信号通路通过受体-配体对参与细胞间通讯.结论:RIF患者子宫内膜容受性受损与RNA的修饰与加工异常,出现表观遗传修饰错误相关,还与炎症反应及代谢下降密切关联,细胞间通讯显示RIF患者子宫内膜上皮细胞骨桥蛋白-整合素介导的黏附与侵袭能力下降,可能是导致胚胎种植失败的原因.
关键词：胚胎植入胚胎移植计算生物学基因细胞间通讯子宫内膜容受性
资助基金：国家自然科学基金(82205172)
论文发表日期：2024-07-15
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：9( 265-273 )
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