基因组De novo组装结合比较RNA-Seq策略在VBNC状态乳杆菌转录组学研究中的应用
徐振波1
侯玉超2
刘君彦2
邓阳2
张霞2
李冰2
李琳2
1.华南理工大学轻工与食品学院,广东广州 510640;美国马里兰大学微生物病理系,巴尔的摩 MD212012.华南理工大学轻工与食品学院,广东广州,510640
摘要：本文应用有参考基因组组装策略对一株提取自啤酒中的乳杆菌的两种生理状态进行转录组学分析.利用基因组测序技术得到此株乳杆菌的全部基因组信息之后,把此株乳杆菌用低温诱导至VBNC状态,对正常状态和VBNC状态乳杆菌提取总RNA.对RNA质量进行验证,将符合要求的RNA进行逆转录形成cDNA,之后进行文库构建和Solexa测序.通过相关指标对测序结果进行评估,之后以此前获得的全基因组序列为对照,进行转录组与基因组的序列比对和基因表的达差异分析.结果显示比对率大于95％,表达上调的基因有21个,表达下降的基因有7个.本文所应用的基因组De novo组装结合比较RNA-Seq策略与常规De novo RNA-Seq策略相比,省却De novo拼接与组装的繁琐步骤,具有更高的准确性,为今后食品微生物在不同生理状态中分子调控机制的研究提供重要基础.
关键词：乳杆菌转录组VBNC
资助基金：国家重点基础研究发展计划（973计划）(2012CB720800)国家自然科学基金(31201362)广东省优秀博士学位论文作者资助项目(K3140030)中国博士后科学基金面上项目(2014M552204)
论文发表日期：2016-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
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