基于16S rRNA基因V3-V4区高通量测序分析东北自然发酵酸菜中细菌群落结构
李欣蔚
丛敏
武俊瑞
岳喜庆
乌日娜
摘要：为探究东北自然发酵酸菜中细菌群落结构,本试验采用454 FLX+平台对东北地区传统自然发酵的16份酸菜汁样品中细菌16S rRNA基因的V3-V4区进行测序.通过454焦磷酸测序,共得到302327条有效序列.计算Chao 1指数、Shannon指数和Simpson指数,对样品菌群的Alpha多样性进行评价,发现松原和大庆样品的细菌群落具有较高的丰富度.Beta多样性分析发现黑龙江、吉林和辽宁省份样品中存在交叠细菌物种,但含量极低.Heatmap图显示各省份的优势菌属各不相同.样品群落结构分析表明大庆、黑河和松原样品中乳杆菌含量超过50％,黑河样品中乳杆菌含量高达69.6％. KEGG统计结果表明高纬度地区存在着一定数量的耐寒细菌.此外,本试验首次在发酵食品中发现污蝇解壳杆菌属细菌(wohlfahrtiimonas),显示出高通量测序技术相对传统纯培养技术的优势.
关键词：454焦磷酸测序16S rRNA酸菜细菌群落结构
论文发表日期：2017-01-01
页数：8( 69-75,82 )
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