黑曲霉α-L-鼠李糖苷酶Rha1的二级结构预测及三级结构模拟
吴喆瑜
于越
巩建业
李利君
倪辉
1.集美大学食品与生物工程学院,福建厦门,3610212.集美大学食品与生物工程学院,福建厦门,3610213.集美大学食品与生物工程学院,福建厦门,3610214.集美大学食品与生物工程学院,福建厦门,3610215.集美大学食品与生物工程学院,福建厦门,361021
摘要：本文研究了酶的结构,有利于进一步了解酶的功能,通过对α-L-鼠李糖苷酶Rha1二级结构分析及三级结构模拟,为该酶进行理性设计提供基础.采用GORⅢ、PHD等九个二级结构预测方法对Rha1的二级结构进行分析和预测.结果显示,Rha1二级结构为23.51％α-螺旋,29.77％β-折叠,46.71％无规则卷曲,具有一个与GH78家族相似的(α/α)6桶状结构域及两个β三明治折叠片结构域.利用Swiss-Model以单模板建模的方法构建了Rha1的三维结构模型.根据二级结构的结果,将Rha1分为三个结构域,利用Modeller 9.15以多模板分段建模、结构域拼接的方法构建了该酶的三维结构模型,并对其进行能量最小化优化.利用Ramachandran 图以及Verify_3D评估对两种方法构建得到的Rha1的三维结构模型进行评价,其中Swiss-Model构建得到的模型未通过评价,Modeller 9.15构建得到的Rha1的三维模型结构合理,通过评价.α-L-鼠李糖苷酶Rha1模型的构建为今后深入研究该酶的结构与功能奠定了基础.
关键词：α-L-鼠李糖苷酶生物信息学二级结构同源建模
资助基金：国家自然科学基金(31371751)厦门市科技计划(3502z20153008)
论文发表日期：2017-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：13( 62-73,227 )
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