分子动力学模拟研究壳寡糖与脂肪酶相互作用机制
杨宝燕1
郑敦锦2
何康平2
江文豪2
沈锐锋2
吕咏锶2
罗幸林2
罗佳伟2
陈胤熹2
郑少鹏2
郝锦亨2
陈梓诗2
曹诗林3
1.佛山科学技术学院食品科学与工程学院,广东佛山 528000;暨南大学理工学院,广东广州 5106322.佛山科学技术学院食品科学与工程学院,广东佛山 5280003.佛山科学技术学院食品科学与工程学院,广东佛山 528000;华南理工大学食品科学与工程学院,广东广州 510640;可持续生物化学与合成生物工程中心,佛山无远生物科技有限公司,广东佛山 528000
摘要：壳聚糖及其衍生物在酶固定化领域有着广泛的应用.了解酶与壳聚糖衍生物在分子水平上的相互作用机制,对相关生物催化剂的设计和应用具有重要意义.本研究采用分子动力学模拟方法研究南极假丝酵母脂肪酶B(CaLB)与壳寡糖(OCTS)的相互作用,并对脂肪酶与催化底物进行分子对接研究脂肪酶催化活性中心和底物结合构象和结合亲和力.结果表明,脂肪酶与OCTS之间的静电和L-J相互作用在自组装过程的初始阶段起着重要的作用.模拟过程结束后,CaLB-OCTS组装体共包含14个OCTS分子和1个CaLB分子.CaLB与OCTS之间存在静电相互作用和氢键相互作用,在模拟过程中,L-J势能和库仑势能分别降低了约1480 kJ/mol和2324.0 kJ/mol,两者间的平均氢键数从0增加到约17,CaLB与OCTS的可及面积均因为相互作用而降低了20 nm2.二级结构表明,与游离酶对照相比,CaLB-OCTS的β折叠含量从9.78％增加至12.62％,无规卷曲loop从49.21％下降至46.50％,CaLB-OCTS的β折叠的含量更高,而无规卷曲含量更低.此外,CaLB-OCTS保留了其原有的蛋白骨架结构以及活性位点口袋的构象.
关键词：南极假丝酵母脂肪酶壳寡糖分子动力学模拟分子对接
资助基金：应用基础研究项目(2019A1515110621)广东省普通高等学校青年创新人才项目(2017KQNCX217)佛山科学技术学院高层次人才启动项目(GG07016)大学生创新创业训练计划项目(201911847023)大学生创新创业训练计划项目(S201911847097)大学生创新创业训练计划项目(S201911847091)大学生创新创业训练计划项目(XJ2019213)大学生创新创业训练计划项目(S202011847068)大学生创新创业训练计划项目(S202011847086)大学生创新创业训练计划项目(XJ2020219)大学生创新创业训练计划项目(XJ2020220)国家级大学生科技创新项目(pdjh2020b0627)
论文发表日期：2021-06-15
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：10( 72-81 )
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